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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k7u | ||||||
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タイトル | Structure of essential protein from Trypanosoma brucei | ||||||
要素 |
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キーワード | Immune System (免疫系) / RNA Binding Protein (RNA結合タンパク質) / RNA-editing / OB-fold / RNA-editing proteins / kinetoplastids (キネトプラスト類) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNAエディティング / mitochondrial mRNA editing complex / キネトプラスト / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / RNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structures of a key interaction protein from the Trypanosoma brucei editosome in complex with single domain antibodies. 著者: Wu, M. / Park, Y.J. / Pardon, E. / Turley, S. / Hayhurst, A. / Deng, J. / Steyaert, J. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k7u.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k7u.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14037.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16119.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.2090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38B90 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG2000, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15229 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 15229 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 76.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3K80 解像度: 2.1→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.041 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.722 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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