PDB-3k4t: Crystal structure of the virion-associated protein P3 from caulim...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4t

タイトル

Crystal structure of the virion-associated protein P3 from caulimovirus

要素

Virion-associated protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

COILED-COIL (コイルドコイル) /

TETRAMER (四量体) /

PROTEIN BINDING (タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell plasmodesma /

virion component /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cauliflower mosaic virus (カリフラワーモザイクウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Dumas, C. / Hoh, F.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the molecular mechanisms of cauliflower mosaic virus transmission by its insect vector.
著者: Hoh, F. / Uzest, M. / Drucker, M. / Plisson-Chastang, C. / Bron, P. / Blanc, S. / Dumas, C.

履歴

登録	2009年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4t.cif.gz	64.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4t.ent.gz	49.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f6nSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f6n-d 2ztb-1 6gbr-d 1sfc-3 6wjk-d 6ual-d 2ztb-2 1sfc-2 6gbq-1 363d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Virion-associated protein

B: Virion-associated protein

C: Virion-associated protein

D: Virion-associated protein

ヘテロ分子

42 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.302, 28.818, 75.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Virion-associated protein / Vap / DNA-binding protein 分子量: 10489.141 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-95 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cauliflower mosaic virus (STRAIN STRASBOURG) (カリフラワーモザイクウイルス) 株: STRASBOURG / 遺伝子: ORF III / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P03551
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.92 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 1000, 0.1M MES-NAOH BUFFER, 1.2 MOLAR-EXCESS DNA OLIGONUCLEOTIDE (POLY-AT, 14 BP) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97925
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→18.98 Å / Num. obs: 9317 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 60.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.59→2.74 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / R_sym value: 0.345 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F6N

3f6n

解像度: 2.59→18.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 33.25 / SU ML: 0.311 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS REFINEMENT 4 GROUPS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: WEIGHT MATRIX 0.035

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	657	7.1 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.223	8660	96.1 %	-
all	-	9317	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→18.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2153	0	1	29	2183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	2.015	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.391	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.551	30	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.609	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.373	1.5	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.722	2	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.274	3	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.187	4.5	633
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.65 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	51	-
R_work	0.307	618	-
obs	-	-	99.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0085	3.7416	9.0064	2.9031	6.6741	15.4977	0.0963	0.3411	-0.2461	0.128	0.0537	-0.0297	0.4047	0.0757	-0.15	0.3462	-0.0759	0.1228	0.0963	0.0207	0.3788	44.707	14.896	33.418
2	5.9853	1.8632	9.4293	0.5922	2.9433	14.9008	0.0348	1.0522	-0.1775	0.083	0.2694	0.0273	0.1583	1.5074	-0.3042	0.9189	-0.1008	0.244	1.1426	-0.3757	0.9101	26.619	6.78	10.551
3	8.6028	1.7426	6.2067	4.1179	2.9202	12.6448	-0.0196	0.3547	-0.1758	0.0944	0.3656	-0.1087	-0.0347	1.1541	-0.346	0.3387	-0.1046	0.1086	0.707	-0.2382	0.449	13.741	2.558	-4.219
4	12.6134	3.9628	10.5499	10.973	3.5073	17.617	0.0902	0.1911	-0.0709	0.5813	0.5375	-0.7238	-0.1406	1.6196	-0.6277	0.3262	-0.0138	0.0775	0.6189	-0.308	0.5163	-1.897	-3.274	-21.221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	3 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	3 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	33 - 40
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	33 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	2	D	33 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	41 - 59
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	41 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	41 - 59
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	4	B	60 - 73
15	X-RAY DIFFRACTION	4	C	60 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	60 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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