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万見
- PDB-3k3v: Crystal structure the GYF domain of S. Cerevisiae SMY2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3v
タイトルCrystal structure the GYF domain of S. Cerevisiae SMY2
要素Protein SMY2
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / GYF domain / poly-proline binding / domain swap / RAGNYA / SMY2 / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum membrane / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GYF domain / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ash, M.R. / Faelber, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: SMY2-type GYF domain recognition in mRNA surveillance complexes
著者: Ash, M.R. / Faelber, K. / Kosslick, D. / Albert, G. / Roske, Y. / Freund, C.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SMY2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1091
ポリマ－11,1091
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein SMY2

A: Protein SMY2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2192
ポリマ－22,2192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area2570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.400, 68.400, 111.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Protein SMY2 / Suppressor of MYO2-66 protein


分子量: 11109.328 Da / 分子数: 1 / 断片: GYF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMY2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32909
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% polyacrylic acid, 0.15M MgCl2, 0.1M Na-HEPES, pH 7.5, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.19 Å / Num. all: 14884 / Num. obs: 14884 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. measured all: 42500 / Num. unique all: 2107 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FMA

3fma


解像度: 1.8→25.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 4.467 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 747 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all-14837 --
obs-14837 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 38.93 Å2 / Biso mean: 15.654 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数639 0 0 84 723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.944932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.427586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98424.51631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32415117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.912152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.512405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3043665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3663277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4153.5264
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 57 -
Rwork0.235 998 -
all-1055 -
obs-1055 99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4283-0.02820.09792.1693-0.29231.84280.04140.0359-0.0125-0.0994-0.03470.1155-0.04090.0651-0.00660.1120.0237-0.01460.09930.0050.1165-19.2648.516-7.434
23.5263-1.28310.58226.918-0.78823.4035-0.08650.0266-0.2260.13980.1271-0.25660.20130.4444-0.04060.11140.0806-0.00310.15050.02060.1091-27.41130.503-7.68
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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