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Yorodumi- PDB-3juw: Putative GnaT-family acetyltransferase from Bordetella pertussis. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3juw | ||||||
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Title | Putative GnaT-family acetyltransferase from Bordetella pertussis. | ||||||
Components | Probable GnaT-family acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / structural genomics / APC60242 / GnaT family / acetyltransferase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bordetella pertussis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Wu, R. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray crystal structure of putative GnaT-family acetyltransferase from Bordetella pertussis. Authors: Osipiuk, J. / Wu, R. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3juw.cif.gz | 113.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3juw.ent.gz | 95.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3juw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | authors state that the biological unit is a dimer made of chains A and B |
-Components
#1: Protein | Mass: 20037.498 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis (bacteria) / Strain: Tohama I / Gene: BP0858 / Plasmid: pMCSG19b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7VZN9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES buffer, 30% PEG 5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2009 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30.6 Å / Num. all: 28544 / Num. obs: 28544 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 2.502 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique all: 1441 / Χ2: 2.124 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.11→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 13.17 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.21 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.5 Å2 / Biso mean: 15.767 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→30.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.105→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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