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Yorodumi- PDB-4avc: Crystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4avc | ||||||
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Title | Crystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 in complex with acetyl CoA and cAMP | ||||||
Components | LYSINE ACETYLTRANSFERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / ALLOSTERIC REGULATION / DOMAIN COUPLING | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity / acetyltransferase activity / cAMP binding / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.806 Å | ||||||
Authors | Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Cyclic AMP Regulation of Protein Lysine Acetylation in Mycobacterium Tuberculosis. Authors: Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4avc.cif.gz | 251.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4avc.ent.gz | 217.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4avc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36224.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (bacteria) / Strain: H37RV / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O05581 |
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-Non-polymers , 5 types, 91 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.3 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 0.9796 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Details: DOUBLE CRYSTAL SI(111) |
Radiation | Monochromator: DOUBLE FLAT CRYSTAL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→40 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 41.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD Starting model: NONE Resolution: 2.806→39.884 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / Phase error: 27.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.092 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.806→39.884 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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