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- PDB-3jst: Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydrata... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3jst | ||||||
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Title | Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydratase from Brucella Melitensis | ||||||
![]() | Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydratase from Brucella Melitensis Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 54.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 39.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1dchS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11070.489 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SMT3 Fusion / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P65722, ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.23 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: HAMPTON CRYSTAL SCREEN HT CONDITION G6. 100 MM HEPES PH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD. PROTEIN CONCENTRATION 23 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→85.5 Å / Num. obs: 14045 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / % possible all: 85.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb entry 1DCH Resolution: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.804 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.169 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.04 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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