[日本語] English
万見
- PDB-3iuy: Crystal structure of DDX53 DEAD-box domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iuy
タイトルCrystal structure of DDX53 DEAD-box domain
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / REC-A-like / DEAD-box / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Helicase (ヘリカーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA helicase activity / ヘリカーゼ / intracellular membrane-bounded organelle / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / K Homology domain, type 1 superfamily / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain ...KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / K Homology domain, type 1 superfamily / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schutz, P. / Karlberg, T. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Schutz, P. / Karlberg, T. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Kraulis, P. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Markova, N. / Moche, M. / Nielsen, T.K. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Siponen, M.I. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Comparative Structural Analysis of Human DEAD-Box RNA Helicases.
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / van den Berg, S. / Collins, R. / Lehtio, L. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Tempel, W. / Park, H.W. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2009年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / diffrn_radiation_wavelength / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2656
ポリマ－51,5002
非ポリマー7654
水2,792155
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1333
ポリマ－25,7501
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1333
ポリマ－25,7501
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.442, 61.251, 65.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53 / DEAD box protein 53 / DEAD box protein CAGE / Cancer-associated gene protein / Cancer/testis antigen 26 / CT26


分子量: 25750.002 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 204-430, Helicase ATP-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX53, CAGE / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE
参照: UniProt: Q86TM3, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 27% PEG6000, 0.1M MES pH 6, 0.2M AmmoniumChloride, 15% Glycerol, 0.2M NaCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→65.382 Å / Num. obs: 17649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rsym value: 0.187 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.539.50.5781.22440925710.578100
2.53-2.689.50.4521.52312424370.452100
2.68-2.879.50.3222.12134922560.322100
2.87-3.19.50.2422.92005821140.242100
3.1-3.399.50.17341853919500.173100
3.39-3.798.90.1733.51587017880.173100
3.79-4.389.30.12751470715790.127100
4.38-5.379.30.0995.61226613170.099100
5.37-7.599.10.1095.7957010490.109100
7.59-45.138.60.1184.150565880.11899.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC5.5.0035精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.703 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.515 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 926 5.3 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 17613 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.43 Å2 / Biso mean: 23.168 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 48 155 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1572.0154496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3135413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89124.464112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41715560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3281515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3861.52095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72523407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87631204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4984.51089
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 64 -
Rwork0.232 1259 -
all-1323 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る