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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3itw | ||||||
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Title | Crystal structure of TioX from Micromonospora sp. ML1 | ||||||
![]() | Protein tioX | ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / bleomycin resistance fold / bisintercalator / solvent-exposed Trp residue / thiocoraline / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #120 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #110 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biswas, T. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: A New Scaffold of an Old Protein Fold Ensures Binding to the Bisintercalator Thiocoraline. Authors: Biswas, T. / Zolova, O.E. / Lombo, F. / de la Calle, F. / Salas, J.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 58.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 46.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15470.679 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.45 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Reservoir solution: 400 mM sodium potassium tartrate, 25 mM ammonium sulfate, 2% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Date: Aug 16, 2007 | ||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | ||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→40 Å / Num. obs: 47329 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.024 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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