+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wp0 | ||||||
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Title | Crystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri | ||||||
Components | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / Structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / ALPHA BETA / 3-LAYER(ABA) SANDWICH / ROSSMANN FOLD / NAD SYNTHETASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio fischeri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wp0.cif.gz | 223 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wp0.ent.gz | 178.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wp0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wp0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3q4gS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30719.889 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (bacteria) Strain: ATCC 700601 / ES114 / Gene: nadE, VF_A0602 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Gold Magic / References: UniProt: Q5DZX4, NAD+ synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 21% PEG 3350, 0.5 mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 30, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→25 Å / Num. obs: 17622 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9.33 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3q4g Resolution: 2.6→24.867 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.95
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→24.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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