+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ipd | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane, spacegroup I 21 21 21 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | EXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / COILED COIL (コイルドコイル) / 4-HELICAL BUNDLE / MEMBRANE FUSION / CYTOPLASMIC VESICLE / MEMBRANE (生体膜) / PHOSPHOPROTEIN / SYNAPSE (シナプス) / SYNAPTOSOME (シナプトソーム) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / NEUROTRANSMITTER TRANSPORT (神経伝達物質輸送体) / TRANSPORT / CELL MEMBRANE (細胞膜) / CYTOPLASM (細胞質) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / PALMITATE (パルミチン酸) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Acetylation (アセチル化) / Cell junction (細胞結合) / Alternative splicing (選択的スプライシング) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex ...trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of norepinephrine secretion / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / ribbon synapse / synaptic vesicle docking / regulation of establishment of protein localization / storage vacuole / response to gravity / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / eosinophil degranulation / 小胞融合 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / chloride channel inhibitor activity / secretion by cell / SNARE complex / Golgi to plasma membrane protein transport / SNAP receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / hormone secretion / calcium-ion regulated exocytosis / ミオフィラメント / positive regulation of intracellular protein transport / regulation of exocytosis / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter secretion / neurotransmitter receptor internalization / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / protein localization to membrane / 神経伝達物質輸送体 / regulation of synaptic vesicle recycling / insulin secretion / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / syntaxin binding / クラスリン / Neutrophil degranulation / synaptic vesicle priming / regulation of neuron projection development / regulation of synapse assembly / endosomal transport / myosin binding / エキソサイトーシス / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / modulation of excitatory postsynaptic potential / 学習 / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / protein sumoylation / synaptic vesicle endocytosis / calcium channel inhibitor activity / 細胞内膜系 / long-term memory / response to glucose / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / vesicle-mediated transport / voltage-gated potassium channel complex / somatodendritic compartment / photoreceptor inner segment / 軸索誘導 / SNARE binding / acrosomal vesicle / locomotory behavior / 分泌 / filopodium / establishment of localization in cell / long-term synaptic potentiation / postsynaptic density membrane / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Stein, A. / Weber, G. / Wahl, M.C. / Jahn, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane 著者: Stein, A. / Weber, G. / Wahl, M.C. / Jahn, R. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ipd.cif.gz | 126.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3ipd.ent.gz | 100.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ipd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10493.321 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP Residues 30-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P63045 #2: タンパク質 | 分子量: 12334.396 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP Residues 183-288 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P32851 #3: タンパク質 | 分子量: 9312.390 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, UNP Residues 7-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: SNAP-25 SPLICE VARIANT A / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P60881 #4: タンパク質 | 分子量: 7753.646 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP Residues 141-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: SNAP-25 SPLICE VARIANT A / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P60881 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF ENTITY 3 AND 4 ARE BASED ON ISOFORM 2 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT P60881 (SNP25_RAT). | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 9.7551 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.3912 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 16% MPD, 0.1M TRIS, 0.05M MAGNESIUM CHLORIDE, 3% SORBITOL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.8→50 Å / Num. all: 16049 / Num. obs: 15646 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 186.97 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 4.8→4.88 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3HD7 解像度: 4.8→49.884 Å / FOM work R set: 0.655 / SU ML: 3.23 Isotropic thermal model: ISOTROPIC, ONE B-FACTOR PER RESIDUE σ(F): 0.11 / 位相誤差: 38.52
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 195.108 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 503.48 Å2 / Biso mean: 289.334 Å2 / Biso min: 175.12 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.8→49.884 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|