PDB-3iof: Crystal structure of CphA N220G mutant with inhibitor 10a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iof

タイトル

Crystal structure of CphA N220G mutant with inhibitor 10a

要素

Beta-lactamase

Β-ラクタマーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process /

beta-lactamase activity /

Β-ラクタマーゼ /

ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Delbruck, H. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.V.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mercaptophosphonate Compounds as Broad-Spectrum Inhibitors of the Metallo-beta-lactamases
著者: Lassaux, P. / Hamel, M. / Gulea, M. / Delbruck, H. / Mercuri, P.S. / Horsfall, L. / Dehareng, D. / Kupper, M. / Frere, J.-M. / Hoffmann, K. / Galleni, M. / Bebrone, C.

履歴

登録	2009年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Refinement description
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iof.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iof.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3iof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3iof	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wrsC 3iogC 1x8gS 1x8h 1x8i 3f9o 3fai S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nbp-2 4y7u-d 2x1s-1 3iog-d 2x1u-2 5j64-d 5k9n-2 4eyf-2 4h0d-2 5j3p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.650, 100.660, 116.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2- SO4
2	1	A-341- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ分子量: 25163.768 Da / 分子数: 1 / 変異: N220G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26918, Β-ラクタマーゼ

#1: タンパク質

Beta-lactamase /

Β-ラクタマーゼ

分子量: 25163.768 Da / 分子数: 1 / 変異: N220G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
遺伝子: cphA / プラスミド: pET9a-CphA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26918,

Β-ラクタマーゼ

-
非ポリマー , 5種, 305分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-IFS / bis(1-methylethyl) [2-(sulfanylmethyl)phenyl]phosphonate / Diisopropyl 2-(sulfanylmethyl)phenylphosphonate 分子量: 288.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁O₃PS
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THIS COORDINATES USE NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THE NUMBERING RELATES TO PDB ENTRY 1X8G.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 100mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月25日 / 詳細: mirros
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.436→19.63 Å / Num. all: 46233 / Num. obs: 46231 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 9.691 Å² / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 40.7
反射シェル	解像度: 1.436→1.51 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 16.3 / Num. unique all: 6547 / R_sym value: 0.112 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X8G

1x8g

解像度: 1.44→19.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.292 / SU ML: 0.025 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14145	2342	5.1 %	RANDOM
R_work	0.12284	-	-	-
all	0.12377	46231	-	-
obs	0.12377	46231	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1776	0	87	290	2153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	2.015	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.504	3	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.493	23.256	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.273	15	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.15	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.583	1.5	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.968	2	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.591	3	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.284	4.5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.436→1.473 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.154	176	-
R_work	0.122	3054	-
obs	-	3054	96.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6463	2.2692	0.5615	7.2628	1.2008	1.5148	0.0096	-0.1365	-0.0104	0.3395	-0.0518	-0.0017	0.1122	-0.0476	0.0422	0.0665	0.0047	0.0041	0.046	0.0157	0.0317	8.513	30.539	58.726
2	1.0108	0.6914	0.1691	2.8117	0.7225	1.1097	0.0075	-0.1169	0.0157	0.1665	-0.0403	0.0455	0.0279	-0.0571	0.0328	0.0434	0.0035	0.004	0.0383	0.0041	0.0236	7.434	34.777	54.947
3	1.493	0.651	0.397	2.5309	-0.0859	0.7496	0.0122	0.0164	-0.1895	-0.0531	0.001	-0.1277	0.0999	0.0804	-0.0132	0.045	0.0123	0.0116	0.0251	0.0059	0.052	13.427	26.802	48.132
4	0.8912	-0.5361	0.4405	2.3672	-0.5868	1.1359	-0.0516	-0.075	0.0693	0.1779	-0.0038	-0.1694	-0.1071	0.0622	0.0554	0.0474	-0.0014	-0.0076	0.034	0.0047	0.0401	17.872	39.18	54.642
5	2.9975	1.1417	-0.5549	1.8961	1.0734	4.9977	-0.1013	-0.0741	0.0066	0.1363	0.0164	-0.1266	0.0475	0.118	0.0848	0.057	0.0171	-0.0111	0.0165	0.0145	0.0414	19.571	29.793	59.271
6	0.5848	-0.0445	-0.6288	1.5123	-2.5097	6.3075	0.0302	0.0334	-0.1077	-0.0611	-0.2069	-0.0706	0.3765	0.3761	0.1767	0.091	0.0277	0.0042	0.0457	0.0098	0.069	20.675	23.115	50.683
7	1.1882	-0.2205	0.4517	0.9471	-0.1229	1.1766	0.0119	0.0192	0.058	-0.0141	-0.0397	-0.069	-0.0039	0.0706	0.0278	0.0294	0.0008	0.0077	0.037	0.0082	0.0297	15.799	38.934	45.013
8	2.1721	-0.5033	1.9845	1.0104	-0.637	2.0605	0.0384	0.1215	-0.1176	-0.0958	-0.0187	-0.0269	0.0602	0.1537	-0.0197	0.0454	0.0099	0.0143	0.0619	0.0016	0.0402	16.62	34.986	35.849
9	1.7314	-0.289	0.067	3.3967	-0.3998	3.0545	-0.0007	0.1503	0.0758	-0.2944	-0.0223	-0.2106	-0.1615	0.1418	0.023	0.0609	-0.0031	0.0205	0.0405	0.0157	0.0318	15.282	45	33.55
10	4.1961	-0.8415	-1.5098	4.0208	2.8054	6.5234	0.0472	0.2202	0.1724	-0.2426	-0.1483	-0.0126	-0.5219	-0.076	0.1011	0.093	0.0077	-0.015	0.0207	0.0032	0.0419	11.898	51.817	43.12
11	2.6402	-0.9955	0.3124	4.9533	2.6579	5.0272	-0.0479	-0.123	0.2164	-0.1058	-0.0733	-0.0048	-0.4142	-0.027	0.1212	0.0965	-0.0038	-0.0115	0.0105	-0.0146	0.0531	13.462	53.887	51.465
12	0.8539	-0.1339	0.394	5.0924	2.5374	2.1999	-0.0044	0.1052	0.0478	-0.1447	-0.0498	-0.1304	-0.0997	0.1255	0.0542	0.0309	-0.0018	0.0268	0.0651	0.0191	0.0464	20.093	41.141	39.122
13	0.6042	0.0628	0.0909	2.8523	-1.2259	1.9313	0.0087	0.1409	-0.1862	-0.1375	-0.0761	-0.0805	0.1965	0.0197	0.0674	0.0697	0.0223	0.0151	0.0539	-0.0315	0.072	10.432	24.046	37.336
14	0.5719	-0.0681	0.0348	0.9464	-0.3911	0.9597	0.0014	0.0421	-0.0404	-0.0463	-0.0026	0.0358	0.0701	-0.0273	0.0012	0.0373	-0.0003	0.0017	0.0339	-0.0059	0.0291	2.322	31.857	39.724
15	1.3263	-0.0659	0.2008	1.3315	-0.6574	1.6548	0.0074	-0.0765	0.1406	0.1204	0.0392	0.0351	-0.1675	-0.1126	-0.0465	0.0504	0.0118	0.0013	0.0406	-0.0039	0.0368	-2.808	42.178	47.393
16	5.2406	1.2188	2.529	0.6947	1.5824	3.6365	-0.1611	0.0194	0.2949	-0.1267	0.0091	0.0669	-0.2887	-0.0368	0.1521	0.1033	0.0119	-0.0152	0.0543	0.0077	0.0698	-2.79	48.806	38.044
17	0.2341	-0.4752	0.3009	1.5389	0.2304	1.8936	0.016	-0.0104	-0.0454	-0.0649	-0.0088	0.0872	0.001	-0.1565	-0.0072	0.0298	-0.0111	-0.0037	0.067	0.005	0.0415	-7.143	35.569	35.65
18	0.2868	0.0101	0.236	1.6566	0.2346	1.5179	0.0041	-0.016	-0.01	0.0341	0.0116	0.0961	0.0774	-0.1487	-0.0156	0.0246	-0.0096	0.0061	0.0476	0.009	0.0407	-3.609	30.257	48.412
19	4.2412	-0.3937	-0.7492	3.913	-1.5615	3.0568	-0.0324	-0.0665	-0.0462	0.0808	0.096	0.1119	-0.0761	-0.2053	-0.0636	0.0099	0.0096	0.001	0.0769	0.008	0.0204	-10.145	37.649	45.41
20	9.3788	0.6516	-7.6329	5.1554	-1.3455	6.6376	0.4607	-0.0751	0.7011	0.3305	0.2287	0.3691	-0.7461	-0.2457	-0.6893	0.3806	0.2557	0.0538	0.2789	0.0846	0.1682	-11.499	49.154	39.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	87 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	97 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	103 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	112 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	133 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	142 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	150 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	158 - 166
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	167 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	176 - 188
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	189 - 218
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	219 - 233
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	234 - 240
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	241 - 252
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	253 - 291
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	292 - 301
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	302 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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