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万見
- PDB-3imy: Structure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3imy
タイトルStructure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1
要素Thyroid hormone receptor beta
キーワードNUCLEAR PROTEIN receptor / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Deafness (難聴) / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Receptor / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B72 / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bleicher, L. / Polikarpov, L. / Aparicio, R.
引用ジャーナル: BMC STRUCT.BIOL. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of GC-1 selectivity for thyroid hormone receptor isoforms.
著者: Bleicher, L. / Aparicio, R. / Nunes, F.M. / Martinez, L. / Gomes Dias, S.M. / Figueira, A.C.M. / Santos, M.A.M. / Venturelli, W.H. / da Silva, R. / Donate, P.M. / Neves, F.A. / Simeoni, L.A. ...著者: Bleicher, L. / Aparicio, R. / Nunes, F.M. / Martinez, L. / Gomes Dias, S.M. / Figueira, A.C.M. / Santos, M.A.M. / Venturelli, W.H. / da Silva, R. / Donate, P.M. / Neves, F.A. / Simeoni, L.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1832
ポリマ－29,8541
非ポリマー3281
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Thyroid hormone receptor beta
ヘテロ分子

A: Thyroid hormone receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3654
ポリマ－59,7082
非ポリマー6572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area1490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.996, 68.996, 130.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta / / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2


分子量: 29854.139 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 202-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBA2, NR1A2, THR1, THRB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-B72 / {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid / GC-1


分子量: 328.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM NaCac, 1.2M NaAc, 200mM Na succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月1日
放射モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. all: 12297 / Num. obs: 11916 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.55-2.643.90.57799.9
2.64-2.753.90.44699.9
2.75-2.873.90.32499.8
2.87-3.023.90.231100
3.02-3.213.90.15999.8
3.21-3.463.90.09699.9
3.46-3.813.50.08771.3
3.81-4.363.80.04999.8
4.36-5.493.90.04199.8
5.49-403.70.03199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BSX

1bsx


解像度: 2.55→35.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 591 4.97 %
Rwork0.225 --
obs0.227 11887 97 %
all-12258 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.55 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.841 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 24 50 2088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.372783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.099767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.8070.3291660.2732806X-RAY DIFFRACTION100
2.807-3.2130.3331520.262877X-RAY DIFFRACTION100
3.213-4.0470.2641190.2232578X-RAY DIFFRACTION88
4.047-35.2350.2281540.1993035X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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