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Yorodumi- PDB-3ii9: Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from Burkholderia... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ii9 | ||||||
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Title | Crystal structure of glutaryl-coa dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei at 1.73 Angstrom | ||||||
Components | Glutaryl-CoA dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SlipChip / Microfluidics / Screening / Optimization / protein crystallization / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / FAD / Flavoprotein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutaryl-CoA dehydrogenase (ETF) / glutaryl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei 1710b (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Ismagilov, R.F. / Li, L. / Du, W.B. / Staker, B. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2010 Title: User-loaded SlipChip for equipment-free multiplexed nanoliter-scale experiments. Authors: Li, L. / Du, W. / Ismagilov, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ii9.cif.gz | 322.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ii9.ent.gz | 261.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ii9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3d6bS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43256.328 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei 1710b (bacteria) Strain: 1710B / Gene: BURPS1710b_3237 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): Bl21(de3) / References: UniProt: Q3JP94, glutaryl-CoA dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 925 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: microfluidic microbatch / pH: 8.5 Details: 19.4% PEG 400, 43 mM Tris 8.5, 86 mM MgCl2, Microfluidic microbatch, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→50 Å / Num. obs: 177485 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.79 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry 3D6B Resolution: 1.74→40.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.096 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.107 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→40.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.736→1.781 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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