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- PDB-3igy: Crystal structures of Leishmania mexicana phosphoglycerate mutase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3igy
タイトルCrystal structures of Leishmania mexicana phosphoglycerate mutase at high cobalt concentrations
要素Cofactor-independent phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / glycolysis (解糖系) / mutase (ムターゼ) / cobalt (コバルト)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase activity / glucose catabolic process / glycolytic process / manganese ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
2,3-Bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase, substrate-binding domain / BPG-independent phosphoglycerate mutase, domain B / Phosphoglycerate mutase, 2,3-bisphosphoglycerate-independent / BPG-independent PGAM, N-terminal / BPG-independent phosphoglycerate mutase, domain B superfamily / BPG-independent PGAM N-terminus (iPGM_N) / 金属タンパク質 / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A ...2,3-Bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase, substrate-binding domain / BPG-independent phosphoglycerate mutase, domain B / Phosphoglycerate mutase, 2,3-bisphosphoglycerate-independent / BPG-independent PGAM, N-terminal / BPG-independent phosphoglycerate mutase, domain B superfamily / BPG-independent PGAM N-terminus (iPGM_N) / 金属タンパク質 / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ホスホグリセリン酸 / 3-ホスホグリセリン酸 / : / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent)
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Nowicki, M.W. / Kuaprasert, B. / McNae, I.W. / Morgan, H.P. / Harding, M.M. / Michels, P.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of Leishmania mexicana phosphoglycerate mutase suggest a one-metal mechanism and a new enzyme subclass
著者: Nowicki, M.W. / Kuaprasert, B. / McNae, I.W. / Morgan, H.P. / Harding, M.M. / Michels, P.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2009年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cofactor-independent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3886
ポリマ－61,8751
非ポリマー5135
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.746, 72.111, 129.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Cofactor-independent phosphoglycerate mutase


分子量: 61875.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q86N96, EC: 5.4.2.1

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非ポリマー , 5種, 624分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸 / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#5: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 2-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細RESIDUE 3PG 564 AND 2PG 565 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3
詳細: 80mM Ammonium acetate, 40mM trisodium citrate pH 6.0, 24%(w/v) PEG4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.011 Å / Num. obs: 40289 / % possible obs: 99.67 % / Observed criterion σ(F): 1.36
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.003→24.011 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2018 5.01 %
Rwork0.1546 --
obs0.1568 40289 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.082 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→24.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4262 0 25 619 4906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1855926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8711604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0027-2.05280.261290.1763262898
2.0528-2.10830.19781160.16182738100
2.1083-2.17030.21411540.15292712100
2.1703-2.24030.19111530.1522700100
2.2403-2.32030.23421640.15542679100
2.3203-2.41310.20031420.15752717100
2.4131-2.52280.20421380.15742731100
2.5228-2.65560.23831490.1632708100
2.6556-2.82180.21351480.16862724100
2.8218-3.03930.21151550.17452734100
3.0393-3.34440.20471350.15722756100
3.3444-3.82660.16171320.14242791100
3.8266-4.81480.16361540.12472788100
4.8148-24.01270.18131490.1514286598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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