PDB-3ic9: The structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from Colwellia ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ic9

タイトル

The structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from Colwellia psychrerythraea 34H.

要素

dihydrolipoamide dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / APC62701 / dihydrolipoamide dehydrogenase / Colwellia psychrerythraea 34H /

structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

cell redox homeostasis /

flavin adenine dinucleotide binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Colwellia psychrerythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Tan, K. / Rakowski, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of dihydrolipoamide dehydrogenase from Colwellia psychrerythraea 34H.
著者: Tan, K. / Rakowski, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ic9.cif.gz	396.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ic9.ent.gz	336.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ic9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2woi-2 6oey-d 1gxf-d 2wpc-1 1fec-d 2wov-2 5v36-d 6b4o-1 5u1o-1 1grh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62701

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: dihydrolipoamide dehydrogenase

B: dihydrolipoamide dehydrogenase

C: dihydrolipoamide dehydrogenase

D: dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dihydrolipoamide dehydrogenase

B: dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: dihydrolipoamide dehydrogenase

D: dihydrolipoamide dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.497, 246.353, 73.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. The chains A and B, C and D are predicted to form dimers respectively.

#1: タンパク質	dihydrolipoamide dehydrogenase 分子量: 54420.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア) 株: 34H / 遺伝子: Colwellia psychrerythraea, CPS_0826 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q488E0
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris, 20%(w/v) PEG MME5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937, 0.97953

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97937	1
2	0.97953	1

反射

解像度: 2.15→44 Å / Num. all: 138959 / Num. obs: 138959 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6506 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→43.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 10.075 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23338	6975	5 %	RANDOM
R_work	0.18612	-	-	-
all	0.1885	131911	-	-
obs	0.1885	131911	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14813	0	216	981	16010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	15375
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.971	20830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.963	5	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.346	24.573	715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.335	15	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.954	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.587	1.5	9553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.084	2	15309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.023	3	5822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.052	4.5	5508
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.155→2.211 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	421	-
R_work	0.223	9178	-
obs	-	9599	92.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8039	-0.3133	-0.0357	0.6393	-0.0281	2.3327	-0.0411	0.1509	-0.0437	-0.1216	-0.0141	0.0293	0.1873	-0.2024	0.0551	0.1327	-0.0327	0.0184	0.0785	0.0176	0.058	-15.901	133.485	1.945
2	0.6834	-0.0147	0.3837	0.5325	-0.1225	2.2519	-0.0168	0.006	-0.0029	-0.0216	-0.0298	0.0535	-0.0583	-0.1331	0.0466	0.0397	0.0168	0.0229	0.0305	0.0175	0.075	-21.442	142.248	29.443
3	1.1318	0.2955	0.071	1.613	-0.3459	0.1161	-0.0297	0.0133	-0.1081	0.0541	0.0309	-0.03	0.03	-0.0353	-0.0012	0.1109	-0.0261	0.0265	0.0709	0.0124	0.1176	-19.537	121.239	33.442
4	1.0786	0.294	0.0288	0.8832	-0.1465	1.143	0.0268	0.0524	-0.2263	-0.0172	0.0161	-0.1966	0.0824	0.1774	-0.0429	0.0831	0.0235	0.0163	0.0491	0.0105	0.1425	9.428	134.101	29.036
5	1.9423	0.0065	0.1179	0.6867	0.0631	1.1062	0.0033	-0.111	0.1775	0.0077	0.0309	-0.1123	-0.0559	0.1658	-0.0342	0.0384	-0.0143	0.0165	0.0578	0.0071	0.141	30.155	155.827	44.932
6	2.2431	0.1386	-0.0347	0.3959	0.0734	0.2521	0.0119	-0.1469	-0.1164	0.0604	-0.0096	-0.0318	0.0199	0.0098	-0.0023	0.0819	-0.0094	0.008	0.0546	0.0386	0.049	4.515	144.654	52.705
7	0.7262	-0.0293	0.1588	0.9531	-0.0165	1.0358	0.0024	-0.1004	0.0458	0.1148	-0.0041	0.0122	-0.1184	-0.0431	0.0016	0.1107	-0.0024	0.0174	0.0362	0.0076	0.0685	-1.312	165.263	52.335
8	0.8119	0.1501	0.0517	0.953	-0.0662	0.6733	-0.0219	0.0645	0.0111	-0.1215	-0.0014	-0.0028	-0.1065	-0.0069	0.0233	0.0754	-0.0005	0.0191	0.0373	0.0247	0.0724	0.951	155.084	22.77
9	1.9621	0.1168	-0.2326	0.7768	-0.0082	0.972	-0.0162	0.1225	-0.1633	0.0042	0.0223	-0.1078	0.1061	0.17	-0.006	0.0278	0.0353	0.0184	0.0895	-0.0042	0.0851	30.256	194.117	20.369
10	2.6997	-0.111	0.0472	0.3416	-0.0019	0.4266	0.0076	0.1409	0.0995	-0.0174	0.0002	-0.0281	0.01	0.0273	-0.0078	0.0475	-0.0073	0.0168	0.0528	0.0141	0.0181	4.458	205.177	12.305
11	0.5309	-0.0695	0.0154	0.8281	0.0129	1.5288	-0.0093	0.1118	-0.0439	-0.0827	0.021	0.0166	0.2093	-0.0918	-0.0117	0.0921	-0.0121	0.0067	0.0543	-0.0105	0.0598	-1.227	184.601	12.639
12	0.8339	-0.1073	-0.0842	1.0268	-0.1446	0.7014	-0.0158	-0.1199	-0.0467	0.1126	0.001	-0.0221	0.1106	-0.0077	0.0148	0.0567	-0.0077	0.0196	0.0458	0.0173	0.0717	0.917	194.996	42.291
13	0.9957	0.1747	0.0139	0.6257	0.1795	2.2972	0.0142	-0.1473	0.0859	0.099	-0.0111	0.0504	-0.1928	-0.2043	-0.003	0.0742	0.0255	0.0299	0.0675	0.0065	0.0487	-15.898	216.41	62.792
14	0.5749	-0.0331	-0.4115	0.3354	-0.0885	3.1239	0.0212	0.0156	0.0044	-0.0172	-0.0111	0.0517	0.0552	-0.1714	-0.0101	0.0093	0.0057	0.0129	0.0555	0.0045	0.0614	-21.513	207.833	35.356
15	1.6486	-0.1387	-0.0936	0.8315	0.0987	1.1095	-0.031	0.0601	0.1763	-0.0118	0.0284	0.0069	-0.276	-0.1902	0.0026	0.1314	0.0554	0.006	0.0702	0.0359	0.088	-18.919	228.628	31.365
16	0.8051	-0.1207	-0.0943	1.1512	0.1985	0.9658	0.0156	-0.0375	0.1686	0.024	0.0041	-0.1863	-0.0635	0.1565	-0.0196	0.0541	-0.0123	0.0224	0.0476	0.0061	0.0933	9.519	215.859	36.41

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	114 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	269 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	345 - 481
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	114 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	269 - 344
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	36 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	144 - 268
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	345 - 481
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-1 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	114 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	269 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	10	C	36 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	144 - 268
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	345 - 481
19	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 35
20	X-RAY DIFFRACTION	13	D	114 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	13	D	269 - 344
22	X-RAY DIFFRACTION	14	D	36 - 113
23	X-RAY DIFFRACTION	15	D	144 - 268
24	X-RAY DIFFRACTION	16	D	345 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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