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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ic5 | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of putative saccharopine dehydrogenase from Ruegeria pomeroyi. | ||||||
要素 | putative saccharopine dehydrogenaseサッカロピンデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC63807.2 / N-terminal domain (N末端) / saccharopine dehydrogenase (サッカロピンデヒドロゲナーゼ) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ruegeria pomeroyi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of N-terminal domain of putative saccharopine dehydrogenase from Ruegeria pomeroyi. 著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ic5.cif.gz | 52.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ic5.ent.gz | 42.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ic5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | putative biological unit is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12301.582 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain 1-115 / 変異: A110V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 株: DSS-3 / 遺伝子: SPO0234 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LX24 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris buffer, 20% ethanol, 5% PEG-400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→45.4 Å / Num. all: 14419 / Num. obs: 14419 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 2.457 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique all: 691 / Χ2: 1.649 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 11.678 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.8 Å2 / Biso mean: 28.092 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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