PDB-3i87: Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutL Ope...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i87

タイトル

Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutL Open Form

要素

Ethanolamine utilization protein eutL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / structural molecule activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure and Mechanisms of a Protein-Based Organelle in Escherichia coli.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2009年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i87.cif.gz	53.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i87.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/3i87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i6pC 3i71C 3i82C 3i96C 3ia0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tm6-d 5v75-2 4tme-d 5v75-3 3gfh-1 6arc-d 6nlu-1 6ard-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ethanolamine utilization protein eutL

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ethanolamine utilization protein eutL

ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL

ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.799, 67.799, 80.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-261- HOH

#1: タンパク質	Ethanolamine utilization protein eutL 分子量: 23875.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2439, eutL, JW2432, yffJ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P76541
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M sodium/potassium phosphate, 2.2M sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 14.11 / 数: 88176 / R_merge(I) obs: 0.119 / Χ²: 1.07 / D res high: 2.5 Å / D res low: 90 Å / Num. obs: 14100 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.39	90	99.6	1	0.064	1.054	6.4
4.27	5.39	100	1	0.061	1.058	6.1
3.73	4.27	100	1	0.081	0.973	6.2
3.39	3.73	100	1	0.113	1.109	6.3
3.15	3.39	100	1	0.146	1.114	6.2
2.96	3.15	100	1	0.19	1.057	6.3
2.82	2.96	100	1	0.248	1.071	6.3
2.69	2.82	100	1	0.326	1.092	6.3
2.59	2.69	100	1	0.394	1.067	6.3
2.5	2.59	100	1	0.471	1.073	6.2

反射

解像度: 2.3→90 Å / Num. obs: 8975 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	5.9	0.493	912	1.217	1	93.6
2.38-2.48	6	0.398	890	1.101	1	93.2
2.48-2.59	6.1	0.351	903	1.058	1	92.5
2.59-2.73	6	0.248	907	1.025	1	92.8
2.73-2.9	6	0.189	895	1.099	1	92.1
2.9-3.12	6.1	0.14	882	0.966	1	91.3
3.12-3.44	6.1	0.104	893	1.059	1	90.8
3.44-3.93	6.1	0.09	891	1.034	1	90.2
3.93-4.95	6.1	0.076	895	1.063	1	88.4
4.95-90	6	0.048	907	0.982	1	84.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 19.97 Å / FOM : 0.259 / FOM acentric: 0.266 / FOM centric: 0.22 / 反射: 7608 / Reflection acentric: 6455 / Reflection centric: 1153

Phasing MAD set

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 19.97 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.92	1	0	0	0	0	6455	1153
2	0.97	0.93	13.1	19.1	0.47	0.35	6332	1144

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.66-19.97	1.33	1	0	0	0	0	55	49
1	7.27-10.66	1.32	1	0.1	0	0	0	160	72
1	5.52-7.27	2.24	1	0.1	0	0	0	324	99
1	4.45-5.52	1.36	1	0	0	0	0	529	132
1	3.72-4.45	1.31	1	0	0	0	0	808	160
1	3.2-3.72	1.78	1	0	0	0	0	1127	188
1	2.81-3.2	2.88	1	0	0	0	0	1518	212
1	2.5-2.81	7.01	1	0	0	0	0	1934	241
2	10.66-19.97	0.95	0.82	16.3	22.5	0.97	0.86	55	49
2	7.27-10.66	0.93	0.85	15	22.5	0.99	0.69	160	72
2	5.52-7.27	0.85	0.83	13.3	17.7	0.98	0.67	324	99
2	4.45-5.52	0.93	0.89	14.3	19.3	0.73	0.45	528	132
2	3.72-4.45	0.97	0.96	16.4	22.1	0.51	0.29	807	160
2	3.2-3.72	0.97	0.97	13.9	20.6	0.44	0.24	1124	188
2	2.81-3.2	0.98	0.98	12.2	18.6	0.37	0.2	1508	211
2	2.5-2.81	0.99	0.99	11.4	14.8	0.27	0.18	1826	233

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Hg	43.628	0.596	0.151	0.29	0
2	Hg	45.058	0.595	0.151	0.29	0.107

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.66-19.97	0.578	0.622	0.528	104	55	49
7.27-10.66	0.535	0.582	0.432	232	160	72
5.52-7.27	0.554	0.593	0.426	423	324	99
4.45-5.52	0.452	0.486	0.318	661	529	132
3.72-4.45	0.336	0.363	0.2	968	808	160
3.2-3.72	0.266	0.28	0.186	1315	1127	188
2.81-3.2	0.189	0.197	0.132	1730	1518	212
2.5-2.81	0.114	0.119	0.075	2175	1934	241

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 7608

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.37-100	56.4	0.738	503
5.01-6.37	56.7	0.786	502
4.35-5.01	53.2	0.777	506
3.95-4.35	60.4	0.711	504
3.66-3.95	61.2	0.689	501
3.43-3.66	73.4	0.501	520
3.25-3.43	75.4	0.522	511
3.11-3.25	71.1	0.471	504
2.98-3.11	77.3	0.545	508
2.88-2.98	77.7	0.46	506
2.78-2.88	80.6	0.539	503
2.7-2.78	78.4	0.38	506
2.63-2.7	80.2	0.447	502
2.57-2.63	83.1	0.373	504
2.5-2.57	79.8	0.393	528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→80.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.231 / WR_factor R_work: 0.183 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.843 / SU B: 14.222 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.382 / SU R_free: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	435	4.9 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	8966	90.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.14 Å² / B_iso mean: 20.198 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.98 Å²	-0.99 Å²	0 Å²
2-	-	-1.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→80.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1517	0	1	51	1569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.873	1.967	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.786	3	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.964	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.107	24.576	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.952	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.653	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.048	2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.157	2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.833	3	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.131	2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.869	3	454

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.362 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	37	-
R_work	0.228	618	-
all	-	655	-
obs	-	-	91.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.2049 Å / Origin y: 23.2503 Å / Origin z: 17.8471 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0049 Å²	0.001 Å²	-0.0078 Å²	-	0.0293 Å²	0.004 Å²	-	-	0.0255 Å²
L	0.3498 °²	-0.3583 °²	-0.0885 °²	-	2.5156 °²	0.5042 °²	-	-	0.3849 °²
S	-0.0341 Å °	-0.0313 Å °	0.0179 Å °	0.0286 Å °	0.0199 Å °	-0.0182 Å °	0.0009 Å °	-0.0405 Å °	0.0143 Å °

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