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万見
- PDB-3i5p: Nup170(aa979-1502), S.cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5p
タイトルNup170(aa979-1502), S.cerevisiae
要素Nucleoporin NUP170
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HELICAL STACK / Membrane (生体膜) / mRNA transport / Nuclear pore complex (核膜孔) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Translocation / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / heterochromatin formation ...nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / heterochromatin formation / 核膜孔 / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / protein import into nucleus / 核膜 / 核膜 / chromatin binding / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin, helical C-terminal domain / Nucleoporin, helical domain, N-terminal subdomain / Nucleoporin, helical domain, central subdomain / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like ...Nucleoporin, helical C-terminal domain / Nucleoporin, helical domain, N-terminal subdomain / Nucleoporin, helical domain, central subdomain / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP170
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Whittle, J.R.R. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Architectural nucleoporins Nup157/170 and Nup133 are structurally related and descend from a second ancestral element.
著者: Whittle, J.R. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP170


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1211
ポリマ－61,1211
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.370, 121.370, 256.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP170 / Nuclear pore protein NUP170


分子量: 61120.598 Da / 分子数: 1 / 断片: HELICAL DOMAIN (UNP residues 980-1502) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NLE3, NUP170, YBL0725, YBL079W / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P38181

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, 8% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 12125 / Num. obs: 12125 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→28.966 Å / SU ML: 0.96 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.59 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3241 444 3.72 %RANDOM
Rwork0.3067 ---
all0.3074 11936 --
obs0.3074 11936 96.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 114.564 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.5842 Å2-0 Å2-0 Å2
2--23.5842 Å2-0 Å2
3----47.1683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 0 0 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.734900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2211260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2003-3.66260.47071380.37223548X-RAY DIFFRACTION91
3.6626-4.61150.37111490.3113915X-RAY DIFFRACTION100
4.6115-28.96720.27461570.29024029X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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