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万見
- PDB-3hxm: Structure of an argonaute complexed with guide DNA and target RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxm
タイトルStructure of an argonaute complexed with guide DNA and target RNA duplex containing two mismatches.
要素
  • Argonauteアルゴノート (タンパク質)
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN/DNA/RNA / argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / protein-DNA-RNA complex / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA複製 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / Argonaute PAZ domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / Argonaute PAZ domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, H. / Sheng, G. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes.
著者: Wang, Y. / Juranek, S. / Li, H. / Sheng, G. / Wardle, G.S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2009年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
Y: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5904
ポリマ－89,5663
非ポリマー241
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.839, 118.867, 59.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Argonaute / アルゴノート (タンパク質)


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / プラスミド: PET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')


分子量: 6248.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 308 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 27365 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1365 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3f73

3f73


解像度: 3.1→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 922 6.6 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-13142 94.3 %-
溶媒の処理Bsol: 42.776 Å2
原子変位パラメータBiso max: 137.59 Å2 / Biso mean: 72.548 Å2 / Biso min: 15.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.049 Å20 Å223.204 Å2
2---3.903 Å20 Å2
3----13.145 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 445 1 0 5225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.65
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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