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- PDB-3hs9: Intersectin 1-peptide-AP2 beta ear complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hs9
タイトルIntersectin 1-peptide-AP2 beta ear complex
要素
  • AP-2 complex subunit beta-1
  • peptide from Intersectin-1, residues 841-851ペプチド
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / clathrin (クラスリン) / adaptor complex AP-2 / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cell membrane (細胞膜) / Coated pit / Membrane (生体膜) / Disease mutation / Transferase (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / AP-type membrane coat adaptor complex / NRAGE signals death through JNK / presynaptic endocytic zone / RHOQ GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / CDC42 GTPase cycle / protein localization => GO:0008104 ...: / AP-type membrane coat adaptor complex / NRAGE signals death through JNK / presynaptic endocytic zone / RHOQ GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / CDC42 GTPase cycle / protein localization => GO:0008104 / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / RHOG GTPase cycle / clathrin coat / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / cardiac septum development / G alpha (12/13) signalling events / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / positive regulation of growth hormone secretion / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / postsynaptic actin cytoskeleton / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / EPHB-mediated forward signaling / Clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / clathrin-dependent endocytosis / apical dendrite / neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of protein localization to membrane / coronary vasculature development / kinase activator activity / proline-rich region binding / aorta development / regulation of postsynapse organization / ventricular septum development / endosomal transport / clathrin binding / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of Rho protein signal transduction / intracellular vesicle / positive regulation of dendritic spine development / エキソサイトーシス / positive regulation of endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / ヘルト萼状シナプス / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / クラスリン / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / kidney development / intracellular protein transport / brain development / terminal bouton / recycling endosome / エンドサイトーシス / protein transport / lamellipodium / presynaptic membrane / 核膜 / heart development / postsynapse / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / 樹状突起スパイン / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / molecular adaptor activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / calcium ion binding / protein-containing complex binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1150 / Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EFハンド / TATA結合タンパク質 / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain ...Immunoglobulin-like - #1150 / Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EFハンド / TATA結合タンパク質 / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Variant SH3 domain / TATA結合タンパク質 / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / TBP domain superfamily / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / EF-hand domain / Armadillo-like helical / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit beta / Intersectin-1 / Intersectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Pechstein, A. / Schaefer, J.G. / Saenger, W. / Haucke, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Regulation of synaptic vesicle recycling by complex formation between intersectin 1 and the clathrin adaptor complex AP2.
著者: Pechstein, A. / Bacetic, J. / Vahedi-Faridi, A. / Gromova, K. / Sundborger, A. / Tomlin, N. / Krainer, G. / Vorontsova, O. / Schafer, J.G. / Owe, S.G. / Cousin, M.A. / Saenger, W. / Shupliakov, O. / Haucke, V.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit beta-1
P: peptide from Intersectin-1, residues 841-851


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6682
ポリマ－30,6682
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.088, 47.103, 58.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit beta-1 / Adapter-related protein complex 2 beta-1 subunit / Beta2-adaptin / Beta-adaptin / Plasma membrane ...Adapter-related protein complex 2 beta-1 subunit / Beta2-adaptin / Beta-adaptin / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit / Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain / AP105B


分子量: 29246.605 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 701-937 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2b1, Clapb1 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62944
#2: タンパク質・ペプチド peptide from Intersectin-1, residues 841-851 / ペプチド


分子量: 1421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: Q9Z0R4, UniProt: Q9WVE9*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG8000, 100mM HEPES, 4mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60.523 Å / Num. obs: 23441 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 9.119
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.95-2.063.80.4661.61297434240.46696.3
2.06-2.183.80.2622.91220032150.26296.4
2.18-2.333.80.2043.41142530300.20496.7
2.33-2.523.80.1116.61076128490.11197.1
2.52-2.763.80.0719.4984826090.07197.2
2.76-3.083.80.04612.9903123880.04697.4
3.08-3.563.70.03615789621090.03697.5
3.56-4.363.70.03515.9666317900.03597.4
4.36-6.173.70.03117.5505313760.03196.5
6.17-58.423.50.03119.922626510.03181.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G30

2g30


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.312 / WRfactor Rwork: 0.27 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.642 / SU B: 11.424 / SU ML: 0.259 / SU R Cruickshank DPI: 0.275 / SU Rfree: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 743 4.2 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.251 17529 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.72 Å2 / Biso mean: 53.732 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.95 Å20 Å2-0.17 Å2
2--8.2 Å20 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 0 133 2085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9512722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9265242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.84525.69993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48315341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.833155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.51261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40421992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.653834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6284.5730
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 42 -
Rwork0.409 1245 -
all-1287 -
obs--96.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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