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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hpd | |||||||||
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タイトル | Structure of hydroxyethylthiazole kinase protein from pyrococcus horikoshii OT3 | |||||||||
要素 | Hydroxyethylthiazole kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA-BETA / ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / KINASE (キナーゼ) / ATP-binding / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Thiamine biosynthesis / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Jeyakanthan, J. / Thamotharan, S. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Hydroxyethylthiazole Kinase Protein from Pyrococcus Horikoshii Ot3 著者: Jeyakanthan, J. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hpd.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hpd.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c3qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28990.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODON PLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58877, hydroxyethylthiazole kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: microbatch method / pH: 9.3 詳細: 0.88M SODIUMCITRATE, 0.1M CHESS, pH 9.3, MICROBATCH METHOD, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月27日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (1 1 1), GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→19.84 Å / Num. obs: 20162 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Num. unique all: 2004 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1C3Q 解像度: 1.85→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 853468.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.8931 Å2 / ksol: 0.402666 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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