+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hlz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of BT_1490 (NP_810393.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.50 A resolution | ||||||
![]() | uncharacterized protein BT_1490 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1090 / Domain of unknown function DUF3806 / Domain of unknown function DUF3805 / Domain of unknown function (DUF3805) / Domain of unknown function (DUF3806) / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1090 / Domain of unknown function DUF3806 / Domain of unknown function DUF3805 / Domain of unknown function (DUF3805) / Domain of unknown function (DUF3806) / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of BT_1490 (NP_810393.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 103.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30623.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BT_1480, NP_810393.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ACT / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | SEQUENCE THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-178) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. ...SEQUENCE THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-178) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2000M Ca(OAc)2, 20.0000% PEG-8000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→29.814 Å / Num. obs: 76979 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.871 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.85 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4 GLYCEROL (GOL), ACETATE (ACT), AND CALCIUM (CA) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOGEN SOLUTIONS WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. UN-ASSIGNED ELECTRON DENSITES NEAR THE SIDECHAINS OF GLU 177 AND GLU 213 ON THE A SUBUNIT, AND LYS A73 ON THE A SUBUNIT WERE NOT MODELED.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.76 Å2 / Biso mean: 24.816 Å2 / Biso min: 11.59 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.814 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|