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- PDB-3hjp: The crystal structure of Bcp4 from Sulfolobus Solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjp
タイトルThe crystal structure of Bcp4 from Sulfolobus Solfataricus
要素Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)ペルオキシレドキシン
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Peroxiredoxin (ペルオキシレドキシン) / Bacterioferritin comigratory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者D'Ambrosio, K. / De Simone, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Exploring the catalytic mechanism of the first dimeric Bcp: functional, structural and docking analysis
著者: Limauro, D. / D'Ambrosio, K. / Pedone, E. / Langella, E. / Galdi, I. / Pedone, C. / De Simone, G. / Bartolucci, S.
履歴
登録2009年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
B: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
C: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
D: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2358
ポリマ－74,0934
非ポリマー1424
水3,711206
1
A: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
B: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1174
ポリマ－37,0472
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
C: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
D: Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1174
ポリマ－37,0472
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.227, 64.142, 76.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin, bacterioferritin comigratory protein homolog (Bcp-4) / ペルオキシレドキシン / Bcp4 / bacterioferritin comigratory protein 4


分子量: 18523.279 Da / 分子数: 4 / 変異: C45S, C50S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: bcp4 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q97VL0, ペルオキシレドキシン
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 0.15 M ammonium acetate, 25% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate , pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 20646 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DRN

3drn


解像度: 2.55→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 962 -RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 19734 91.8 %-
all-20646 --
溶媒の処理Bsol: 39.245 Å2
原子変位パラメータBiso max: 98.67 Å2 / Biso mean: 47.45 Å2 / Biso min: 17.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.221 Å20 Å2-0.536 Å2
2---8.35 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 4 206 5194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9932.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.6 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.371 32
Rwork0.376 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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