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Yorodumi- PDB-3hh1: The Structure of a Tetrapyrrole methylase family protein domain f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hh1 | ||||||
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Title | The Structure of a Tetrapyrrole methylase family protein domain from Chlorobium tepidum TLS | ||||||
Components | Tetrapyrrole methylase family protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / tetrapyrrole methylase / Chlorobium tepidum / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 16S rRNA (cytidine1402-2'-O)-methyltransferase / : / rRNA (cytosine-2'-O-)-methyltransferase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chlorobaculum tepidum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The Structure of a Tetrapyrrole methylase family protein domain from Chlorobium tepidum TLS. Authors: Cuff, M.E. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hh1.cif.gz | 99.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hh1.ent.gz | 81.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hh1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hh1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN |
-Components
#1: Protein | Mass: 12452.724 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 7-120 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlorobaculum tepidum (bacteria) / Strain: TLS / Gene: CT1646 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8KBY6 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97945, 0.97931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.6 % / Av σ(I) over netI: 20.76 / Number: 270515 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.31 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 35606 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 35606 / Num. obs: 35606 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.309 / Net I/σ(I): 20.761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Num. unique all: 1796 / Χ2: 1.667 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.285 / FOM acentric: 0.287 / FOM centric: 0.238 / Reflection: 35490 / Reflection acentric: 33549 / Reflection centric: 1941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 35490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.85→37.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 6.359 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / SU Rfree: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.84 Å2 / Biso mean: 26.295 Å2 / Biso min: 7.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→37.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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