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- PDB-3hae: Rational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hae | |||||||||
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Title | Rational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies | |||||||||
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Function / homology | ![]() tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Rational development of high-affinity T-cell receptor-like antibodies Authors: Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E. / Kleber, S. / Stenner-Liewen, F. / Bauer, S. / McMichael, A. / Knuth, A. / Abken, H. / Hombach, A.A. / ...Authors: Stewart-Jones, G. / Wadle, A. / Hombach, A. / Shenderov, E. / Held, G. / Fischer, E. / Kleber, S. / Stenner-Liewen, F. / Bauer, S. / McMichael, A. / Knuth, A. / Abken, H. / Hombach, A.A. / Cerundolo, V. / Jones, E.Y. / Renner, C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 541.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 453 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 31951.316 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 25-300 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1090.335 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: This sequence occurs naturally in humans. / References: UniProt: P78358*PLUS #4: Antibody | ![]() Mass: 22740.143 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #5: Antibody | ![]() Mass: 22893.605 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.48 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.9 Details: 12% PEG 8000, 50mM Mes, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 5, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. obs: 84609 / % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.118 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→25 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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