+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h1h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytochrome bc1 complex from chicken | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME BC1 (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B (シトクロムb) / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MITOCHONDRIAL PROCESSING PROTEASE / UBIQUINONE (ユビキノン) / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / Electron transport (電子伝達系) / Heme (ヘム) / Iron (鉄) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Mitochondrion (ミトコンドリア) / Mitochondrion inner membrane / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / Disulfide bond (ジスルフィド) / Iron-sulfur (鉄硫黄タンパク質) / Transit peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / electron transfer activity ...Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.16 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Electron Transfer by Domain Movement in Cytochrome Bc1 著者: Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Binding of the Respiratory Chain Inhibitor Antimycin to the Mitochondrial Bc(1) Complex: A New Crystal Structure Reveals an Altered Intramolecular Hydrogen-Bonding Pattern. 著者: Huang, L.S. / Cobessi, D. / Tung, E.Y. / Berry, E.A. #2: ジャーナル: J.BIOENERG.BIOMEMBR. / 年: 1999 タイトル: The Structure of the Avian Mitochondrial Cytochrome bc1 Complex. 著者: Berry, E.A. / Huang, L.S. / Zhang, Z. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h1h.cif.gz | 813.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3h1h.ent.gz | 660.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ... , 2種, 4分子 ANBO
#1: タンパク質 | 分子量: 49503.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX31*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase #2: タンパク質 | 分子量: 46683.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: quinol-cytochrome-c reductase |
---|
-タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ
#3: タンパク質 | 分子量: 42622.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P18946, quinol-cytochrome-c reductase #4: タンパク質 | 分子量: 26973.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX26*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
---|
-Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 ERIV
#5: タンパク質 | 分子量: 21506.188 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 77-272 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4785.649 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 1-76 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase |
---|
-UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 4種, 8分子 FSGTHUJW
#6: タンパク質 | 分子量: 13394.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: quinol-cytochrome-c reductase #7: タンパク質 | 分子量: 9498.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX32*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase #8: タンパク質 | 分子量: 9057.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: quinol-cytochrome-c reductase #10: タンパク質 | 分子量: 7005.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX27*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
---|
-糖 , 1種, 5分子
#18: 糖 | ChemComp-BOG / |
---|
-非ポリマー , 9種, 50分子
#11: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 #12: 化合物 | ChemComp-HEM / #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CDL / #15: 化合物 | ChemComp-PEE / #16: 化合物 | #17: 化合物 | #19: 化合物 | #20: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | IN THE COORDINATES THE FIRST 15 RESIDUES IN CHAINS I AND V ARE MODELED AS UNK BECAUSE THE SEQUENCE ...IN THE COORDINATE |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 20MM KMES PH 6.7, 75MM NACL, 10% GLYCEROL, AND 6% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月20日 / 詳細: CYL.-BENT MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.16→69.338 Å / Num. all: 123869 / Num. obs: 123869 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 79.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.16→3.27 Å / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 84.5 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.16→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4383576.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Heavy Atoms in derivatives of chicken bc1 crystals were located using XtalView, then refined and used for phase calculation in ccp4 mlphare. Nonisomorphous crystals of beef, rabbit bc1 were ...詳細: Heavy Atoms in derivatives of chicken bc1 crystals were located using XtalView, then refined and used for phase calculation in ccp4 mlphare. Nonisomorphous crystals of beef, rabbit bc1 were solved by molecular replacement using cut-out density. The phases were improved by cross-crystal and NCS density averaging using RAVE from USF. Model building was carried out in the best native chicken crystal, resulting in structure 1bcc. This structure is a further refinement against the original data, with correct sequences for the subunits and with minor errors in the orifginal tracing corrected.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.7533 Å2 / ksol: 0.271593 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.16→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.16→3.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 7
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|