PDB-3g2p: Crystal Structure of the Glycopeptide N-methyltransferase MtfA co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g2p

タイトル

Crystal Structure of the Glycopeptide N-methyltransferase MtfA complexed with (S)-adenosyl-L-homocysteine (SAH)

要素

PCZA361.24

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SAM-dependent methyltransferase / glycopeptide antibiotics biosynthesis /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #60 / HSP40/DNAj peptide-binding domain - #20 / : / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Methyltransferase domain 25 /

Methyltransferase domain / Other non-globular /

Vaccinia Virus protein VP39 / Special ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the glycopeptide N-methyltransferase MtfA, a tool for the biosynthesis of modified glycopeptide antibiotics.
著者: Shi, R. / Lamb, S.S. / Zakeri, B. / Proteau, A. / Cui, Q. / Sulea, T. / Matte, A. / Wright, G.D. / Cygler, M.

履歴

登録	2009年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g2p.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g2p.ent.gz	81.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g2mSC 3g2oC 3g2qC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g2o-d 6uep-d 3g2q-d 2fok-1 4iw3-1 2gup-1 6uer-d 6baf-1 5d7o-d 3cb4-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MTFA_AMYOR

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PCZA361.24

B: PCZA361.24

ヘテロ分子

65.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.469, 72.451, 75.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PCZA361.24 分子量: 32527.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: mtfA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O52805
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 18% PEG-monomethyl ether 5K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 13628 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 76.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 12.124

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.95-3.07	3.7	0.5	1342	0.935	1	96.3
3.07-3.19	3.8	0.4	1325	0.988	1	96.5
3.19-3.33	3.8	0.306	1347	1.098	1	97
3.33-3.51	3.8	0.231	1341	1.065	1	97
3.51-3.73	3.7	0.175	1366	1.097	1	97.4
3.73-4.02	3.8	0.131	1357	1.07	1	97.7
4.02-4.42	3.7	0.096	1366	1.005	1	98.1
4.42-5.06	3.7	0.074	1369	0.996	1	98
5.06-6.37	3.7	0.067	1385	0.993	1	98.6
6.37-50	3.6	0.056	1430	1.004	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 3G2M

3g2m

解像度: 2.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 33.846 / SU ML: 0.303 / SU R Cruickshank DPI: 0.372 / SU R_free: 0.437 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	684	5 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.211	13628	96.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.93 Å² / B_iso mean: 50.76 Å² / B_iso min: 22.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.82 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	3.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3703	0	45	9	3757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.992	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.728	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.165	22.485	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.691	15	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.24	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.073	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.089	2	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.304	3	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.226	4.5	1302

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	54	-
R_work	0.306	881	-
all	-	935	-
obs	-	-	89.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0756	-0.1826	0.3302	1.9192	0.2069	1.3771	-0.0262	-0.0247	0.1836	0.0704	-0.0192	-0.225	-0.0849	0.0437	0.0454	-0.0676	-0.0216	-0.0067	-0.0713	0.0215	-0.0222	22.4226	65.2342	34.8358
2	8.8977	-3.0984	-0.3993	2.7326	-0.3742	0.978	0.1646	0.1945	1.4121	0.0053	-0.051	0.2914	-0.5421	-0.2087	-0.1136	0.1066	0.1081	-0.0042	0.0525	0.0723	0.2498	-3.6566	76.6584	17.8068
3	4.9115	-0.5069	-3.0768	1.1626	2.0573	4.6536	-0.3533	-0.3262	-0.4192	0.3257	0.2281	-0.1844	0.8806	0.7226	0.1252	0.1168	0.1551	0.0644	0.0976	0.0545	0.0368	22.9474	52.92	9.7304
4	3.2246	0.1912	-0.2438	0.3538	-0.0687	1.3204	-0.0128	0.0732	-0.2378	-0.0022	-0.0299	-0.0627	0.1224	-0.1334	0.0427	-0.0046	-0.0251	0.0191	-0.0069	-0.0268	-0.0711	-13.3234	50.946	16.3421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	235 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	206 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	8 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	206 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	176 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	47 - 175
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	235 - 273

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)