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- PDB-3fqg: Crystal Structure of the S. pombe Rai1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fqg
タイトルCrystal Structure of the S. pombe Rai1
要素Protein din1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / hydrolase (加水分解酵素) / mRNA processing (転写後修飾) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / rRNA processing / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Transcription termination
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-hydroxyl dinucleotide hydrolase activity / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / nucleic acid metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転写後修飾 ...5'-hydroxyl dinucleotide hydrolase activity / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / nucleic acid metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転写後修飾 / GDP binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RAI1-like / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / RAI1-like family
類似検索 - ドメイン・相同性
Decapping nuclease din1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xiang, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the 5'-->3' exoribonuclease Rat1 and its activating partner Rai1.
著者: Xiang, S. / Cooper-Morgan, A. / Jiao, X. / Kiledjian, M. / Manley, J.L. / Tong, L.
履歴
登録2009年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein din1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8952
ポリマ－41,8711
非ポリマー241
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.597, 60.790, 73.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein din1 / Dhp1-interacting protein 1


分子量: 41870.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: din1, Rai1, SPAC19D5.06c / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O13836
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic (pH 5.0) and 20% (w/v) PEG 3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: Mar m-165 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 29188 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.332 / Net I/σ(I): 16.785
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.072.60.37627171.05191.1
2.07-2.152.90.28928351.09396
2.15-2.253.10.24128961.14398.1
2.25-2.373.10.19829761.1899.2
2.37-2.523.20.15629281.24599.3
2.52-2.713.20.12629531.27199.5
2.71-2.993.30.09229421.33899.4
2.99-3.423.30.06729671.44899.5
3.42-4.313.30.05429881.65199.2
4.31-303.20.04929861.71297.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.531 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1482 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 28933 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.81 Å2 / Biso mean: 27.773 Å2 / Biso min: 11.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20 Å20.35 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2566 0 1 239 2806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9573582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6335309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82523.913115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.23815470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1661514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.51636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25722578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69231180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4924.51004
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 107 -
Rwork0.243 1868 -
all-1975 -
obs--90.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.8046 Å / Origin y: 0.6479 Å / Origin z: 16.4782 Å
111213212223313233
T-0.0383 Å20.0004 Å20.0083 Å2--0.034 Å2-0.0025 Å2---0.0189 Å2
L0.2441 °20.0248 °2-0.1537 °2-0.4929 °20.0052 °2--1.1753 °2
S0.0207 Å °-0.0218 Å °0.0459 Å °0.0572 Å °0.0098 Å °0.0469 Å °-0.0159 Å °0.0835 Å °-0.0304 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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