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万見
- PDB-3fdr: Crystal structure of TDRD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdr
タイトルCrystal structure of TDRD2
要素Tudor and KH domain-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Tdrd2 / Tudor (テューダー) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative splicing (選択的スプライシング) / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


piP-body / pi-body / P granule organization / piRNA processing / male meiotic nuclear division / P granule / 受精 / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / 精子形成 / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Tudor domain / Tudor domain / Type-1 KH domain profile. ...: / : / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Tudor domain / Tudor domain / Type-1 KH domain profile. / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor and KH domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Adams, M.A. / Guo, Y. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. ...Amaya, M.F. / Adams, M.A. / Guo, Y. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Mouse Piwi interactome identifies binding mechanism of Tdrkh Tudor domain to arginine methylated Miwi
著者: Chen, C. / Jin, J. / James, D.A. / Adams-Cioaba, M.A. / Park, J.G. / Guo, Y. / Tenaglia, E. / Xu, C. / Gish, G. / Min, J. / Pawson, T.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor and KH domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4501
ポリマ－10,4501
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.565, 45.106, 46.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tudor and KH domain-containing protein


分子量: 10449.630 Da / 分子数: 1 / 断片: Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRKH, TDRD2 / プラスミド: pet15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y2W6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M NaCl, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器日付: 2008年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 8475 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.523
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.815.30.1728872.23199.8
1.81-1.895.90.1549202.096100
1.89-1.974.90.1337322.09180.7
1.97-2.0760.1189211.52799.7
2.07-2.260.1039061.97199.7
2.2-2.385.80.0895191.62356.4
2.38-2.616.20.0799321.2399.8
2.61-2.996.20.0659260.98799.8
2.99-3.775.90.0637900.85682.5
3.77-405.50.0669420.91492.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DIQ

2diq


解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.585 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 404 4.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 8438 90.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.64 Å2 / Biso mean: 22.187 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数688 0 0 84 772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.957964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.289590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81124.85735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14515101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.42154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0790.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.5457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8542720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8373275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0924.5244
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.793 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 25 -
Rwork0.257 636 -
all-661 -
obs--97.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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