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- PDB-3fan: Crystal structure of chymotrypsin-like protease/proteinase (3CLSP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fan
タイトルCrystal structure of chymotrypsin-like protease/proteinase (3CLSP/Nsp4) of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV)
要素Non-structural proteinウイルス非構造タンパク質
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / chymotrypsin-like (キモトリプシン) / N-terminal beta-barrels / C-terminal alpha-beta extra domain / canonical catalytic triad
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chymotrypsin-like serine protease; domain 3 / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain ...Chymotrypsin-like serine protease; domain 3 / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Herpes Virus-1 / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / ウイルス非構造タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine respiratory and reproductive syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gao, F. / Peng, H. / Tian, X. / Lu, G. / Liu, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and cleavage specificity of the chymotrypsin-like serine protease (3CLSP/nsp4) of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus (PRRSV).
著者: Tian, X. / Lu, G. / Gao, F. / Peng, H. / Feng, Y. / Ma, G. / Bartlam, M. / Tian, K. / Yan, J. / Hilgenfeld, R. / Gao, G.F.
履歴
登録2008年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0972
ポリマ－22,0021
非ポリマー951
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Non-structural protein
ヘテロ分子

A: Non-structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1944
ポリマ－44,0042
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.358, 49.162, 42.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein / ウイルス非構造タンパク質 / Proteinase / 3C like serine protease


分子量: 22001.896 Da / 分子数: 1 / 断片: UniProt residues 1780-1983 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine respiratory and reproductive syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
株: JXA1 / 遺伝子: Nsp4, ORF1a / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1E8J1, EC: 3.4.21.114
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.3, 0.7M ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418, 0.9793, 0.9000
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97931
30.91
反射解像度: 1.9→32.3 Å / Num. obs: 17461 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→27.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.671 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24585 830 5.1 %RANDOM
Rwork0.19353 ---
obs0.19633 15507 93.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1393 0 5 208 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.951936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7535190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09824.80852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8815215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.365154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1211.5970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76921506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4943524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9894.5430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 55 -
Rwork0.23 1089 -
obs--90.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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