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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f58 | ||||||
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タイトル | IGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 12-RESIDUE CYCLIC PEPTIDE (INCLUDING RESIDUES 315-324 OF HIV-1 GP120 (MN ISOLATE); H315S MUTATION | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stanfield, R.L. / Cabezas, E. / Satterthwait, A.C. / Stura, E.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dual conformations for the HIV-1 gp120 V3 loop in complexes with different neutralizing fabs. 著者: Stanfield, R. / Cabezas, E. / Satterthwait, A. / Stura, E. / Profy, A. / Wilson, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23501.934 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN OF FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 24864.744 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN OF FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 976.070 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 315-324 FROM HIV-1 GP120 / Mutation: H315S / 由来タイプ: 合成 詳細: 12 RESIDUE HYDRAZONE-LINKED CYCLIC PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED FROM RESIDUES 316-324 OF HIV-1 GP120 STRAIN MN. |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
配列の詳細 | THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 5 / 詳細: pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年5月1日 / 詳細: SUPPER DOUBLE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SUPPER DOUBLE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.8→47.8 Å / Num. obs: 13951 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60.1 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47266 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 2259 / Num. measured obs: 9337 / Rmerge(I) obs: 0.218 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: FAB PORTION OF 1ACY 解像度: 2.8→48 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.47 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.377 |