+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f0n | ||||||
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Title | Mus Musculus Mevalonate Pyrophosphate Decarboxylase | ||||||
Components | MEVALONATE PYROPHOSPHATE DECARBOXYLASEDiphosphomevalonate decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / STEROID BIOSYNTHESIS / STEROL BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information Cholesterol biosynthesis / Synthesis of Dolichyl-phosphate / diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / peroxisomal matrix / Hsp70 protein binding / peroxisome ...Cholesterol biosynthesis / Synthesis of Dolichyl-phosphate / diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / peroxisomal matrix / Hsp70 protein binding / peroxisome / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Walker, J.R. / Davis, T. / Vesterberg, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of Mus Musculus Mevalonate Pyrophosphate Decarboxylase Authors: Walker, J.R. / Davis, T. / Vesterberg, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f0n.cif.gz | 314.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3f0n.ent.gz | 256.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1fi4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45811.633 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: MVD / Plasmid: PET28-MHL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)V2R References: UniProt: Q99JF5, diphosphomevalonate decarboxylase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 17 MG/ML PROTEIN, 20% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54178 / Wavelength: 1.54178 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 4, 2008 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 69315 / Num. obs: 69315 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 6822 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1FI4 Resolution: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.369 / SU ML: 0.086 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.257 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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