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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eyw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal domain of E. coli KefC in complex with KefF | ||||||
要素 | C-terminal domain of Glutathione-regulated potassium-efflux system protein kefC fused to full length Glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein kefF | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / KTN / RCK / K+ channel (カリウムチャネル) / K+ transport / KefC / K+ efflux / channel regulation / Antiport / Inner membrane / Ion transport / Membrane (生体膜) / Potassium (カリウム) / Potassium transport / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / potassium:proton antiporter complex / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / intracellular pH elevation / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / regulation of pH / positive regulation of potassium ion transmembrane transport ...glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / potassium:proton antiporter complex / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / intracellular pH elevation / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / regulation of pH / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / antiporter activity / toxic substance binding / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / response to hydrogen peroxide / potassium ion transport / response to toxic substance / FMN binding / electron transfer activity / nucleotide binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Roosild, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: KTN (RCK) Domains Regulate K(+) Channels and Transporters by Controlling the Dimer-Hinge Conformation. 著者: Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Miller, S. / Li, C. / Rasmussen, T. / Bartlett, W. / Gunasekera, B. / Choe, S. / Booth, I.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eyw.cif.gz | 160 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eyw.ent.gz | 122.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3eyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3eyw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 450 - 455 / Label seq-ID: 55 - 60
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詳細 | Biological unit is the same as the asymmetric unit |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46557.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KefC C-terminal domain fused to KefF / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: kefC, trkC and kefF, yabF / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03819, UniProt: P0A754 |
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-非ポリマー , 5種, 188分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | KEFC C-TERMINAL DOMAIN FUSED TO KEFF |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% MPD, 10% PEG 3350, 60mM MgCl2, 100mM HEPES pH 7.0, 1mM NAD+, 1mM HALESDIE peptide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 39348 / Num. obs: 39230 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 2QR2, 1LSS 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.412 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.374 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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