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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eoy | ||||||
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タイトル | Structure of Reovirus sigma1 in Complex with Its Receptor Junctional Adhesion Molecule-A | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/CELL ADHESION (ウイルス性) / protein complex (タンパク質複合体) / virus receptor complex / beta-barrel (Βバレル) / beta-spiral repeat / greek key motif / trimer / immunoglobulin superfamily (免疫グロブリンスーパーファミリー) / VIRAL PROTEIN-CELL ADHESION COMPLEX (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of establishment of endothelial barrier / memory T cell extravasation / Tight junction interactions / establishment of endothelial intestinal barrier / regulation of membrane permeability / viral outer capsid / protein localization to bicellular tight junction / positive regulation of platelet aggregation / actomyosin structure organization / 密着結合 ...positive regulation of establishment of endothelial barrier / memory T cell extravasation / Tight junction interactions / establishment of endothelial intestinal barrier / regulation of membrane permeability / viral outer capsid / protein localization to bicellular tight junction / positive regulation of platelet aggregation / actomyosin structure organization / 密着結合 / regulation of bicellular tight junction assembly / intestinal absorption / negative regulation of stress fiber assembly / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of Rho protein signal transduction / maintenance of blood-brain barrier / regulation of cytoskeleton organization / bicellular tight junction / Integrin cell surface interactions / regulation of cytokine production / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / regulation of actin cytoskeleton organization / Cell surface interactions at the vascular wall / 細胞接着 / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell junction / integrin binding / virus receptor activity / 細胞結合 / regulation of cell shape / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / cadherin binding / 炎症 / virion attachment to host cell / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | reovirus (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kirchner, E. / Guglielmi, K.M. / Dermody, T.S. / Stehle, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008 タイトル: Structure of reovirus sigma1 in complex with its receptor junctional adhesion molecule-A 著者: Kirchner, E. / Guglielmi, K.M. / Strauss, H.M. / Dermody, T.S. / Stehle, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eoy.cif.gz | 303.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eoy.ent.gz | 248.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eoy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eoy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17921.033 Da / 分子数: 6 / 断片: head domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) reovirus (ウイルス) / 株: TYPE 3/STRAIN DEARING / 遺伝子: S1 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03528 #2: タンパク質 | 分子量: 11518.841 Da / 分子数: 6 / 断片: D1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y624 配列の詳細 | THIS SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 8 IN UNP DATABASE, P03528. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 % / Mosaicity: 1.39 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M CHES, 30% PEG 3350, streak seeding, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91988 Å |
検出器 | タイプ: MAR225 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 21974 / Num. obs: 21974 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.933 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1669 / Χ2: 0.488 / % possible all: 69.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 2OJ5 and 1NBQ 解像度: 3.4→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 28.443 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.71 Å2 / Biso mean: 62.229 Å2 / Biso min: 29.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param |