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- PDB-3egl: Crystal Structure of DegV Family Protein Cg2579 from Corynebacter... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3egl | ||||||
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Title | Crystal Structure of DegV Family Protein Cg2579 from Corynebacterium glutamicum | ||||||
![]() | DegV family protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Tesar, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of DegV Family Protein Cg2579 from Corynebacterium glutamicum Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 168.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 144 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29969.598 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-term 6 HIs tag with TEV protease cut site / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-FMT / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.61 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Sodium formate, 20 % w/v Polyehtlyene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 9, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.4→49.3 Å / Num. all: 47822 / Num. obs: 47822 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2367 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.381 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→49.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.408→2.471 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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