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万見
- PDB-3efj: Structure of c-Met with pyrimidone inhibitor 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efj
タイトルStructure of c-Met with pyrimidone inhibitor 7
要素Hepatocyte growth factor receptorC-Met
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / c-Met / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Chromosomal rearrangement / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / semaphorin receptor complex / 膵臓 / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / 食作用 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / neuron differentiation / Negative regulation of MET activity / 受容体型チロシンキナーゼ / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / リン酸化 / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MT3 / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者D'Angelo, N. / Bellon, S. / Whittington, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of potent c-Met inhibitors.
著者: D'Angelo, N.D. / Bellon, S.F. / Booker, S.K. / Cheng, Y. / Coxon, A. / Dominguez, C. / Fellows, I. / Hoffman, D. / Hungate, R. / Kaplan-Lefko, P. / Lee, M.R. / Li, C. / Liu, L. / Rainbeau, E. ...著者: D'Angelo, N.D. / Bellon, S.F. / Booker, S.K. / Cheng, Y. / Coxon, A. / Dominguez, C. / Fellows, I. / Hoffman, D. / Hungate, R. / Kaplan-Lefko, P. / Lee, M.R. / Li, C. / Liu, L. / Rainbeau, E. / Reider, P.J. / Rex, K. / Siegmund, A. / Sun, Y. / Tasker, A.S. / Xi, N. / Xu, S. / Yang, Y. / Zhang, Y. / Burgess, T.L. / Dussault, I. / Kim, T.S.
履歴
登録2008年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6894
ポリマ－70,6942
非ポリマー9952
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
2
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8442
ポリマ－35,3471
非ポリマー4981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8442
ポリマ－35,3471
非ポリマー4981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.741, 78.648, 129.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / C-Met / HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene ...HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene tyrosine kinase / c-Met


分子量: 35346.910 Da / 分子数: 2 / 断片: c-Met kinase domain, UNP residues 1048-1351 / 変異: V1272L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08581, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MT3 / 2-benzyl-5-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-3-methylpyrimidin-4(3H)-one


分子量: 497.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24FN3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% PEG 6000, 1.0M LiCl2, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月19日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 23893 / Num. obs: 23678 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2277 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1r1w

1r1w


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.267 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.648 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28772 1216 5.1 %RANDOM
Rwork0.24444 ---
all0.24662 22763 --
obs0.24662 22426 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 74 82 4476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.9786132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3625547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7323.516182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72815739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7541521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5121.52830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92324446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72531978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1544.51686
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 88 -
Rwork0.335 1527 -
obs-1527 92.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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