PDB-3e07: Crystal structure of spatzle cystine knot

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 30000000

タイトル

Crystal structure of spatzle cystine knot

要素

Protein spaetzle

キーワード

CYTOKINE (サイトカイン) /

cystine knot (シスチンノット) / Toll ligand /

Antimicrobial /

Developmental protein (ヒトの発達) /

Fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) /

Glycoprotein (糖タンパク質) /

Secreted (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of antimicrobial peptide biosynthetic process / positive regulation of antifungal peptide biosynthetic process / response to tumor cell / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' /

Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Activated PLL kinase is autophosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Phosphorylated CACT, DL and DIF homodimers dissociate from the TL receptor 'signalling complex' / PLL kinase binds to TUB in the TL receptor 'signalling complex' ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hoffmann, A. / Funkner, A. / Neumann, P. / Juhnke, S. / Walther, M. / Schierhorn, A. / Weininger, U. / Balbach, J. / Reuter, G. / Stubbs, M.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Biophysical Characterization of Refolded Drosophila Spatzle, a Cystine Knot Protein, Reveals Distinct Properties of Three Isoforms
著者: Hoffmann, A. / Funkner, A. / Neumann, P. / Juhnke, S. / Walther, M. / Schierhorn, A. / Weininger, U. / Balbach, J. / Reuter, G. / Stubbs, M.T.

履歴

登録	2008年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e07.cif.gz	51.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e07.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1betS 1btgS 1sg1S 1sgfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b57-1 3epz-2 2wa5-d 4kfw-2 2p2i-1 6d2n-d 3efl-1 4i6l-d 5bq1-d 6d2o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein spaetzle

B: Protein spaetzle

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.800, 58.980, 62.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A,B, using restrain
2	2	chain A,B, using restrain
3	3	chain A,B, using restrain
4	4	chain A,B, using restrain

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	8 - 18	8 - 18
1	2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	39 - 48	39 - 48
1	3	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	53 - 56	53 - 56
1	4	1	ASN	ASN	GLN	GLN	A	A	65 - 90	65 - 90
1	5	1	LYS	LYS	CYS	CYS	A	A	94 - 98	94 - 98
1	6	1	CYS	CYS	LEU	LEU	A	A	99 - 103	99 - 103
1	7	1	PHE	PHE	TYR	TYR	B	B	8 - 18	8 - 18
1	8	1	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	39 - 48	39 - 48
1	9	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	53 - 56	53 - 56
1	10	1	ASN	ASN	GLN	GLN	B	B	65 - 90	65 - 90
1	11	1	LYS	LYS	CYS	CYS	B	B	94 - 98	94 - 98
1	12	1	CYS	CYS	LEU	LEU	B	B	99 - 103	99 - 103
2	1	2	PHE	PHE	CYS	CYS	A	A	8 - 10	8 - 10
2	2	2	SER	SER	SER	SER	A	A	12	12
2	3	2	ARG	ARG	TYR	TYR	A	A	14 - 18	14 - 18
2	4	2	ALA	ALA	CYS	CYS	A	A	41 - 47	41 - 47
2	5	2	CYS	CYS	PHE	PHE	A	A	54 - 56	54 - 56
2	6	2	ASN	ASN	CYS	CYS	A	A	65 - 68	65 - 68
2	7	2	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	70 - 74	70 - 74
2	8	2	THR	THR	ILE	ILE	A	A	76 - 80	76 - 80
2	9	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	82 - 84	82 - 84
2	10	2	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	86 - 87	86 - 87
2	11	2	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	88 - 90	88 - 90
2	12	2	LYS	LYS	SER	SER	A	A	94 - 97	94 - 97
2	13	2	CYS	CYS	LEU	LEU	A	A	99 - 103	99 - 103
2	14	2	PHE	PHE	CYS	CYS	B	B	8 - 10	8 - 10
2	15	2	SER	SER	SER	SER	B	B	12	12
2	16	2	ARG	ARG	TYR	TYR	B	B	14 - 18	14 - 18
2	17	2	ALA	ALA	CYS	CYS	B	B	41 - 47	41 - 47
2	18	2	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	54 - 56	54 - 56
2	19	2	ASN	ASN	CYS	CYS	B	B	65 - 68	65 - 68
2	20	2	GLN	GLN	GLN	GLN	B	B	70 - 74	70 - 74
2	21	2	THR	THR	ILE	ILE	B	B	76 - 80	76 - 80
2	22	2	SER	SER	GLY	GLY	B	B	82 - 84	82 - 84
2	23	2	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	86 - 87	86 - 87
2	24	2	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	88 - 90	88 - 90
2	25	2	LYS	LYS	SER	SER	B	B	94 - 97	94 - 97
2	26	2	CYS	CYS	LEU	LEU	B	B	99 - 103	99 - 103
3	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	48 - 49	48 - 49
3	2	3	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	57 - 64	57 - 64
3	3	3	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	48 - 49	48 - 49
3	4	3	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	57 - 64	57 - 64
4	1	4	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	57 - 64	57 - 64
4	2	4	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	57 - 64	57 - 64

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Protein spaetzle / Protein spaetzle C-106 / Spatzle Isoform Spz11.7 分子量: 13006.618 Da / 分子数: 2 / 断片: Spatzle cystine knot, Protein spaetzle C-106 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株: Oregon R / 遺伝子: spz / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P48607
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM TRIS/HCl, 20% PEG 3350, 10mM betaine monohydrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 7988 / Num. obs: 7919 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.712 % / B_iso Wilson estimate: 59.222 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.49
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.88 % / R_merge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured obs: 4327 / Num. unique all: 886 / Num. unique obs: 886 / R_sym value: 0.706 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	R_factor: 60.58 / Packing: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BTG, 1SG1, 1BET, 1SGF

解像度: 2.4→19.83 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.746 / Data cutoff high absF: 1116162 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	610	7.7 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
all	-	7988	-	-
obs	-	7919	99.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 44.475 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.93 Å² / B_iso mean: 64.958 Å² / B_iso min: 21.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.92 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.44 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.62 Å	0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1417	0	6	37	1460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.73
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	6.86	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	9.6	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	8.25	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	12	2.5

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	0.613	restrain
2	2	B	X-RAY DIFFRACTION	1.09	restrain
3	3	B	X-RAY DIFFRACTION	0.922	restrain
4	4	B	X-RAY DIFFRACTION	1.661	restrain

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.47 Å / R_factor R_free error: 0.068 / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	47	7.3 %
R_work	0.371	595	-
all	-	642	-
obs	-	-	99.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water_rep.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ecpox-tpp-fad.param	ecpox-tpp-fad.top

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