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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dy7 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the human mitogen-activated protein kinase kinase 1 (MEK1) in a complex with ligand and MgATP | ||||||
要素 | Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / dual specificity protein kinase / non-ATP-competitive kinase inhibitor / inhibitor-bound protein kinase / ATP-bound protein kinase / Acetylation (アセチル化) / ATP-binding / Disease mutation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / protein kinase activator activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / 髄鞘 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / 運動性 / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 小胞体 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ohren, J.F. / Pavlovsky, A. / Zhang, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009 タイトル: Beyond the MEK-pocket: can current MEK kinase inhibitors be utilized to synthesize novel type III NCKIs? Does the MEK-pocket exist in kinases other than MEK? 著者: Tecle, H. / Shao, J. / Li, Y. / Kothe, M. / Kazmirski, S. / Penzotti, J. / Ding, Y.H. / Ohren, J. / Moshinsky, D. / Coli, R. / Jhawar, N. / Bora, E. / Jacques-O'Hagan, S. / Wu, J. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structures of human MAP kinase kinase 1 (MEK1) and MEK2 describe novel noncompetitive kinase inhibition. 著者: Ohren, J.F. / Chen, H. / Pavlovsky, A. / Whitehead, C. / Zhang, E. / Kuffa, P. / Yan, C. / McConnell, P. / Spessard, C. / Banotai, C. / Mueller, W.T. / Delaney, A. / Omer, C. / Sebolt- ...著者: Ohren, J.F. / Chen, H. / Pavlovsky, A. / Whitehead, C. / Zhang, E. / Kuffa, P. / Yan, C. / McConnell, P. / Spessard, C. / Banotai, C. / Mueller, W.T. / Delaney, A. / Omer, C. / Sebolt-Leopold, J. / Dudley, D.T. / Leung, I.K. / Flamme, C. / Warmus, J. / Kaufman, M. / Barrett, S. / Tecle, H. / Hasemann, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dy7.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dy7.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dy7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37930.609 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein Kinase Domain, UNP residues 62-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q02750, MAPキナーゼキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 化合物 | ChemComp-1CX / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG8K, Ammonium phosphate, Imidazole-malate, DTT, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月28日 / 詳細: single crystal |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 12527 / Num. obs: 12527 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.97 % / Biso Wilson estimate: 80.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1260 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1S9J 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 12.27 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.209 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
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