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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dst | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)in complex with geranylgeranyl pyrophosphate | ||||||
要素 | (Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / protein prenylation / Metal-binding / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Zinc (亜鉛) / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isoprenoid binding / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / small GTPase binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Z. / Yu, S. / Goody, R.S. / Alexandrov, K. / Blankenfeldt, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2008 タイトル: Structures of RabGGTase-substrate/product complexes provide insights into the evolution of protein prenylation 著者: Guo, Z. / Wu, Y.-W. / Das, D. / Delon, C. / Cramer, J. / Yu, S. / Thuns, S. / Lupilova, N. / Waldmann, H. / Brunsveld, L. / Goody, R.S. / Alexandrov, K. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dst.cif.gz | 268.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dst.ent.gz | 214.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dst | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38441.598 Da / 分子数: 1 / 断片: PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 遺伝子: Rabggta, Ggta / プラスミド: pGATEV and pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08602, protein geranylgeranyltransferase type II |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36892.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 遺伝子: Rabggtb, Ggtb / プラスミド: pGATEV and pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08603, protein geranylgeranyltransferase type II |
-非ポリマー , 4種, 319分子
#3: 化合物 | ChemComp-GRG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 % |
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結晶化 | 温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0007 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.4 Å / Num. all: 55872 / Num. obs: 55563 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 7804 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DSS 解像度: 1.9→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.797 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.192 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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