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- PDB-3dsd: Crystal structure of P. furiosus Mre11-H85S bound to a branched D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dsd
タイトルCrystal structure of P. furiosus Mre11-H85S bound to a branched DNA and manganese
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DA)-3')
  • DNA double-strand break repair protein mre11
キーワードHydrolase/DNA / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Double Helix / Nuclease (ヌクレアーゼ) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Manganese (マンガン) / Metal-binding / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair nuclease / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich ...DNA double-strand break repair nuclease / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Williams, R.S. / Moiani, D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Mre11 dimers coordinate DNA end bridging and nuclease processing in double-strand-break repair.
著者: Williams, R.S. / Moncalian, G. / Williams, J.S. / Yamada, Y. / Limbo, O. / Shin, D.S. / Groocock, L.M. / Cahill, D. / Hitomi, C. / Guenther, G. / Moiani, D. / Carney, J.P. / Russell, P. / Tainer, J.A.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA double-strand break repair protein mre11
B: DNA double-strand break repair protein mre11
C: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DA)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9537
ポリマ－89,7333
非ポリマー2204
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.157, 88.128, 137.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA double-strand break repair protein mre11 / pfMre11


分子量: 40869.590 Da / 分子数: 2 / 断片: pfMre11 Nuclease domain / 変異: H85S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: mre11, PF1166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1N9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DA)-3')


分子量: 7994.150 Da / 分子数: 1 / 断片: Branched DNA hairpin / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% PEG 200, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 20011
2HEPES11
3PEG 20012
4HEPES12

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1159 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 47737 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1II7

1ii7


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.604 / SU ML: 0.144 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24606 2402 5 %RANDOM
Rwork0.19955 ---
all0.20196 47737 --
obs0.20196 45184 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å20 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3---3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5500 473 4 300 6277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.392.0668421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3655664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.37423.451284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5321542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.32614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.54114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.5587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.382
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.538
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9331.53395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55325338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00333306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1524.53083
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 148 -
Rwork0.24 3219 -
obs--95.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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