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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dki | ||||||
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タイトル | 2.1 A X-ray structure of CysM (Rv1336) from Mycobacterium tuberculosis an O-phosphoserine dependent cysteine synthase | ||||||
要素 | Cysteine synthase B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Cysteine synthase (システインシンターゼ) / O-phosphoserine / CysO(Rv1335) / Pyridoxal-phosphate (ピリドキサールリン酸) / PLP / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Agren, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Cysteine Synthase (CysM) of Mycobacterium tuberculosis Is an O-Phosphoserine Sulfhydrylase: EVIDENCE FOR AN ALTERNATIVE CYSTEINE BIOSYNTHESIS PATHWAY IN MYCOBACTERIA 著者: Agren, D. / Schnell, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dki.cif.gz | 130.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dki.ent.gz | 100.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dki | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2q3bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34952.234 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag removed by Thrombin cleavage 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: cysM, Rv1336 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P63873, UniProt: P9WP53*PLUS, O-phosphoserine sulfhydrylase #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.1M K2HPO4, 4.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日 詳細: Channel cut ESRF monochromator, Torodial focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 38897 / Num. obs: 38431 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5613 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Q3B 解像度: 2.1→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.198 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.6 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.102 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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