PDB-3dh4: Crystal Structure of Sodium/Sugar symporter with bound Galactose ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dh4

タイトル

Crystal Structure of Sodium/Sugar symporter with bound Galactose from vibrio parahaemolyticus

要素

Sodium/glucose cotransporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

Membrane protein (膜タンパク質) /

symporter (シンポート) / sugar transport /

SGLT /

Ion transport /

Membrane (生体膜) / Sodium transport /

Symport (シンポート) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

symporter activity / sodium ion transport / carbohydrate transport /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Abramson, J. / Faham, S. / Cascio, D.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of a sodium galactose transporter reveals mechanistic insights into Na+/sugar symport.
著者: Faham, S. / Watanabe, A. / Besserer, G.M. / Cascio, D. / Specht, A. / Hirayama, B.A. / Wright, E.M. / Abramson, J.

履歴

登録	2008年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dh4.cif.gz	382.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dh4.ent.gz	313.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4b56-d 5oe3-d 4mq2-d 4bge-d 4yu2-d 6uwy-d 3eh2-d 2vx3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sodium/glucose cotransporter

B: Sodium/glucose cotransporter

C: Sodium/glucose cotransporter

D: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

229 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sodium/glucose cotransporter

B: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

C: Sodium/glucose cotransporter

D: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Sodium/glucose cotransporter

B: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Sodium/glucose cotransporter

D: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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5

B: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.1 kDa, 1 ポリマー
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6

C: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.1 kDa, 1 ポリマー
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7

D: Sodium/glucose cotransporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.280, 109.210, 127.580
Angle α, β, γ (deg.)	109.70, 92.02, 102.11
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: UNK / Beg label comp-ID: UNK / End auth comp-ID: NA / End label comp-ID: NA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 801 / Label seq-ID: 1

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - H
2	B	B - J
3	C	C - L
4	D	D - P

#1: タンパク質

Sodium/glucose cotransporter / Na(+)/glucose symporter

分子量: 56933.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: sglT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue / 参照: UniProt: P96169

#2: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス /

ガラクトース

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-ER3 / ERBIUM (III) ION / エルビウムトリカチオン /

エルビウム

分子量: 167.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Er

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

配列の詳細

THE FULL-LENGHT PROTEIN (RESIDUES 1-543) WAS CRYSTALLIZED. THE N-TERMINAL REGION 1-46 WAS NOT ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.88 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Hepes, 200mM Ca Acetate, 20-25% PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	5.0.2	1	0.9793
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	0.9793

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年2月25日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2008年2月17日

放射

モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 103009 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 69.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 29.93 / SU ML: 0.301 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.506 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residues 3-19 from each chain are build as polyala. Electron density in this region (3-19) lacks the clarity required to identify these side ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28715	2998	5 %	RANDOM
R_work	0.26979	-	-	-
obs	0.27063	57175	53.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.531 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0.26 Å²	-0.61 Å²
2-	-	0.19 Å²	0.06 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15416	0	56	0	15472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	15852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	10032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	1.957	21648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.379	2.995	24672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.796	5	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.834	23.902	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.479	15	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.133	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	17356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	1.5	10148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.138	1.5	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.819	2	16280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.303	3	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.467	4.5	5368
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6375 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.05
2	B	tight positional	0.02	0
3	C	tight positional	0.02	0
4	D	tight positional	0.02	0
1	A	tight thermal	0.41	0.5
2	B	tight thermal	0.35	0
3	C	tight thermal	0.26	0
4	D	tight thermal	0.22	0

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.049	2	-
R_work	0.258	101	-
obs	-	-	1.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1933	-0.3172	0.4961	3.5265	0.9858	1.7847	0.2125	0.096	0.4145	-0.7553	-0.1929	0.149	-0.3344	0.0022	-0.0196	0.1522	-0.0309	0.1256	-0.0658	0.1278	-0.0055	28.1676	-43.1415	59.5122
2	4.5131	-1.9333	0.1942	5.7791	-0.6411	2.0635	-0.243	-1.1328	0.3973	1.1166	0.1761	-0.711	-0.0589	0.281	0.0669	0.0552	-0.0849	-0.0453	0.4585	-0.1296	-0.1237	45.0216	-53.8526	99.5931
3	4.1017	-1.754	-0.9388	4.7736	1.946	2.6887	-0.2392	-0.6977	-0.6922	0.7856	0.0569	0.7827	0.2991	-0.0879	0.1822	-0.0617	-0.0257	-0.0023	0.1521	0.2188	0.1787	-5.7383	2.7438	88.2097
4	2.508	0.5745	-0.1393	5.6651	-0.9664	1.2822	0.2238	0.2921	-0.4043	-1.4354	-0.233	-0.3649	0.1318	0.1123	0.0092	0.3571	0.1248	-0.0139	0.0454	-0.1696	-0.081	11.2292	10.7265	47.5136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 547	1 - 518
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 547	1 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 547	1 - 518
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 547	1 - 518

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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