+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d8c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Factor inhibiting HIF-1 alpha D201G mutant in complex with ZN(II), alpha-ketoglutarate and HIF-1 alpha 19mer | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FIH / HIF / DSBH / OXYGENASE (酸素添加酵素) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / HYPOXIA / INHIBITOR 2-OXOGLUTARATE / ASPARAGINYL HYDROXYLASE / Dioxygenase / Iron (鉄) / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH 1H2N / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Evidence that two enzyme-derived histidine ligands are sufficient for iron binding and catalysis by factor inhibiting HIF (FIH). 著者: Hewitson, K.S. / Holmes, S.L. / Ehrismann, D. / Hardy, A.P. / Chowdhury, R. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structure of Factor-Inhibiting Hypoxia-Inducible Factor (Hif) Reveals Mechanism of Oxidative Modification of Hif-1 Alpha 著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Mcneill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005 タイトル: Selective Inhibition of Factor Inhibiting Hypoxia Inducible Factor 著者: Mcdonough, M.A. / Mcneill, L.A. / Tilliet, M. / Papamicael, C.A. / Chen, Q.Y. / Banerji, B. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d8c.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3d8c.ent.gz | 68.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8c | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40270.246 Da / 分子数: 1 / 変異: D201G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NWT6, ペプチド-アスパラギン酸-β-ジオキシゲナーゼ |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2051.189 Da / 分子数: 1 / Fragment: CTAD / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE FRAGMENT OF HIF-1 ALPHA |
-非ポリマー , 5種, 228分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-AKG / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % 解説: REJECTION CRITERIA AS REJECTION PROBABILITY, REJECTION |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, 24MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II)SO4, 1MM ALPHA-KETOGLUTARATE, 1MM HIF-1ALPHA PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K, PH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9696 / 波長: 0.9696 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 33971 / Num. obs: 33850 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.0434 / Net I/σ(I): 23.18 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique all: 3288 / Rsym value: 0.2569 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH 1H2N 開始モデル: 1H2N 解像度: 2.1→38.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 139071.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 82.0785 Å2 / ksol: 0.355882 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.65 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|