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- PDB-3cvq: Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cvq | ||||||
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Title | Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to PTS1 peptide (7-SKL) | ||||||
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Function / homology | ![]() peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Insights into the recognition of peroxisomal targeting signal 1 by Trypanosoma brucei peroxin 5. Authors: Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A. / Hol, W.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 71.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 52 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3cv0C ![]() 3cvlC ![]() 3cvnC ![]() 3cvpC ![]() 1fchS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE BIOLOGICAL UNIT OF PROTEIN PEX5 IS MONOMER |
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Components
#1: Protein | Mass: 36543.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Binding domain,UNP residues 332-655 / Mutation: M411A/K415A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 934.051 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.19 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / pH: 4.8 Details: 2.3M Potassium acetate, 0.1M sodium citrate monohydrate, pH 4.8 - 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298KK, pH 4.80 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2006 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 11776 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 96.04 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.0704 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB CODE 1FCH Resolution: 3.01→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 46.621 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS model / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.446 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.01→47.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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