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- PDB-3cpi: Crystal structure of yeast Rab-GDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cpi
タイトルCrystal structure of yeast Rab-GDI
要素Rab GDP-dissociation inhibitor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab / GDI / vesicular transport / Cytoplasm (細胞質) / GTPase activation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab GDP-dissociation inhibitor activity / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / small GTPase-mediated signal transduction / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / protein transport / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab GDP-dissociation inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kravchenko, S. / Ignatev, A. / Goody, R.S. / Rak, A. / Pylypenko, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A structural model of the GDP dissociation inhibitor rab membrane extraction mechanism.
著者: Ignatev, A. / Kravchenko, S. / Rak, A. / Goody, R.S. / Pylypenko, O.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Rab GDP-dissociation inhibitor
H: Rab GDP-dissociation inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5422
ポリマ－102,5422
非ポリマー00
水14,358797
1
G: Rab GDP-dissociation inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2711
ポリマ－51,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
H: Rab GDP-dissociation inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2711
ポリマ－51,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.460, 159.780, 77.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rab GDP-dissociation inhibitor / Rab GDI / Secretory pathway GDP dissociation inhibitor / yeast Rab-GDI


分子量: 51271.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39958
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.97 Å / Num. all: 60538 / Num. obs: 59630 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ukv, chain G

1ukv


解像度: 2.3→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.195 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 2982 5 %RANDOM
Rwork0.19688 ---
all0.2 60538 --
obs0.1992 56646 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6979 0 0 797 7776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0581.9739653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4195874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56224.528318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.863151279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9211530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.23267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.54485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95427065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13633012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8664.52588
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 189 -
Rwork0.24 3583 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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