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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cmv | ||||||
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タイトル | Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures | ||||||
要素 | Protein recA | ||||||
キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / homologous recombination (相同組換え) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase V complex / 相同組換え / 相同組換え / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA修復 / 運動性 / single-stranded DNA binding ...DNA polymerase V complex / 相同組換え / 相同組換え / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA修復 / 運動性 / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Pavletich, N.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2008 タイトル: Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures. 著者: Chen, Z. / Yang, H. / Pavletich, N.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cmv.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cmv.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cmv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/3cmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/3cmv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 144942.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7G6 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: RecA4 fusion protein mixed with 2 mM AMPPNP and 10 mM MgCl2, pH 7.5, followed by crystallization from 100 mM Bis-Tris-Cl, 7% (w/v) PEG 3350, 100 mM KSCN, 25% (v/v) ethylene glycol, pH 6.5. |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C |
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検出器 | 日付: 2007年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.3→40 Å / Num. obs: 87622 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 150.646 / SU ML: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 220.934 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.301→4.407 Å / Total num. of bins used: 20
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