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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cid | ||||||
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タイトル | Structure of BACE Bound to SCH726222 | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BACE1 (Β-セクレターゼ1) / Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Strickland, C. / Cumming, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008 タイトル: Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors 著者: Cumming, J.N. / Le, T.X. / Babu, S. / Carroll, C. / Chen, X. / Favreau, L. / Gaspari, P. / Guo, T. / Hobbs, D.W. / Huang, Y. / Iserloh, U. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Li, G. / Lowrie, J. ...著者: Cumming, J.N. / Le, T.X. / Babu, S. / Carroll, C. / Chen, X. / Favreau, L. / Gaspari, P. / Guo, T. / Hobbs, D.W. / Huang, Y. / Iserloh, U. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Li, G. / Lowrie, J. / McHugh, N.A. / Ozgur, L. / Pan, J. / Parker, E.M. / Saionz, K. / Stamford, A.W. / Strickland, C. / Tadesse, D. / Voigt, J. / Wang, L. / Wu, Y. / Zhang, L. / Zhang, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cid.cif.gz | 183.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cid.ent.gz | 150.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3cid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3cid | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43425.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 95484 / Num. obs: 95380 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4732 / Rsym value: 0.489 / Χ2: 1.005 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→50 Å / FOM work R set: 0.841 / σ(F): 0 / σ(I): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.062 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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