PDB-3cfi: Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cfi

タイトル

Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopilin heterdimer from Vibrio Vulnificus

要素

Nanobody NBEPSIJ_11
Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ
Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/Immune system / General Secretory Pathway / Pseudopilins / Single Chain Antibody /

Methylation (メチル化) / PROTEIN TRANSPORT-Immune system COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type II secretion system /

type II protein secretion system complex /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Lam, A.Y. / Pardon, E. / Korotkov, K.V. / Steyaert, J. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Nanobody-aided structure determination of the EpsI:EpsJ pseudopilin heterodimer from Vibrio vulnificus.
著者: Lam, A.Y. / Pardon, E. / Korotkov, K.V. / Hol, W.G. / Steyaert, J.

履歴

登録	2008年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3cfi.ent.gz	236.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3l6y-2 3feo-1 4b5z-d 4z7g-2 6cmq-1 4txy-1 4yjl-1 6xdb-d 5lxc-2 2p7n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

B: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

C: Nanobody NBEPSIJ_11

D: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

E: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

F: Nanobody NBEPSIJ_11

G: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

H: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

I: Nanobody NBEPSIJ_11

J: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

K: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

L: Nanobody NBEPSIJ_11

ヘテロ分子

164 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

B: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

C: Nanobody NBEPSIJ_11

ヘテロ分子

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41.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

E: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

F: Nanobody NBEPSIJ_11

ヘテロ分子

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41.1 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

H: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

I: Nanobody NBEPSIJ_11

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4

J: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

K: Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

L: Nanobody NBEPSIJ_11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.720, 67.243, 128.255
Angle α, β, γ (deg.)	96.54, 91.62, 90.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	THR	H	H	34 - 65	4 - 35
2	1	1	SER	THR	E	E	34 - 65	4 - 35
3	1	1	SER	THR	K	K	34 - 65	4 - 35
4	1	1	SER	THR	B	B	34 - 65	4 - 35
5	2	1	LYS	GLY	H	H	72 - 95	42 - 65
6	2	1	LYS	GLY	E	E	72 - 95	42 - 65
7	2	1	LYS	GLY	K	K	72 - 95	42 - 65
8	2	1	LYS	GLY	B	B	72 - 95	42 - 65
9	3	1	VAL	TYR	H	H	108 - 127	78 - 97
10	3	1	VAL	TYR	E	E	108 - 127	78 - 97
11	3	1	VAL	TYR	K	K	108 - 127	78 - 97
12	3	1	VAL	TYR	B	B	108 - 127	78 - 97
13	4	1	GLU	PHE	H	H	135 - 152	105 - 122
14	4	1	GLU	PHE	E	E	135 - 152	105 - 122
15	4	1	GLU	PHE	K	K	135 - 152	105 - 122
16	4	1	GLU	PHE	B	B	135 - 152	105 - 122
17	5	1	TRP	THR	H	H	158 - 190	128 - 160
18	5	1	TRP	THR	E	E	158 - 190	128 - 160
19	5	1	TRP	THR	K	K	158 - 190	128 - 160
20	5	1	TRP	THR	B	B	158 - 190	128 - 160
1	1	2	GLU	LEU	J	J	35 - 53	8 - 26
2	1	2	GLU	LEU	G	G	35 - 53	8 - 26
3	1	2	GLU	LEU	D	D	35 - 53	8 - 26
4	1	2	GLU	LEU	A	A	35 - 53	8 - 26
5	2	2	ASN	PRO	J	J	62 - 78	35 - 51
6	2	2	ASN	PRO	G	G	62 - 78	35 - 51
7	2	2	ASN	PRO	D	D	62 - 78	35 - 51
8	2	2	ASN	PRO	A	A	62 - 78	35 - 51
9	3	2	PHE	ALA	J	J	89 - 94	62 - 67
10	3	2	PHE	ALA	G	G	89 - 94	62 - 67
11	3	2	PHE	ALA	D	D	89 - 94	62 - 67
12	3	2	PHE	ALA	A	A	89 - 94	62 - 67
13	4	2	ILE	TYR	J	J	102 - 108	75 - 81
14	4	2	ILE	TYR	G	G	102 - 108	75 - 81
15	4	2	ILE	TYR	D	D	102 - 108	75 - 81
16	4	2	ILE	TYR	A	A	102 - 108	75 - 81
1	1	3	GLN	THR	I	I	13 - 60	13 - 60
2	1	3	GLN	THR	F	F	13 - 60	13 - 60
3	1	3	PRO	THR	L	L	14 - 60	14 - 60
4	1	3	GLN	THR	C	C	13 - 60	13 - 60
5	2	3	PHE	LEU	I	I	67 - 99	67 - 99
6	2	3	PHE	LEU	F	F	67 - 99	67 - 99
7	2	3	PHE	LEU	L	L	67 - 99	67 - 99
8	2	3	PHE	LEU	C	C	67 - 99	67 - 99
9	3	3	ARG	SER	I	I	102 - 116	102 - 116
10	3	3	ARG	VAL	F	F	102 - 115	102 - 115
11	3	3	ARG	VAL	L	L	102 - 113	102 - 113
12	3	3	ARG	SER	C	C	102 - 116	102 - 116

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI 分子量: 9226.689 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 61-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス) 遺伝子: EpsI / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MPZ1
#2: タンパク質	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ / Type II secretory pathway / component EpsJ 分子量: 19203.566 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP entries 47-210 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス) 遺伝子: EpsJ / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MPZ0
#3: 抗体	Nanobody NBEPSIJ_11 分子量: 12614.069 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: NBEPSIJ_11 / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ACCORDING TO THE AUTHORS THE SEQUENCE VARIATION IS DUE TO A DIFFERENT STRAIN OF VIBRIO VULNIFICUS ...ACCORDING TO THE AUTHORS THE SEQUENCE VARIATION IS DUE TO A DIFFERENT STRAIN OF VIBRIO VULNIFICUS THAN THAT REPORTED IN THE UNP DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.12709 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→20 Å / Num. obs: 49095 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.129 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 14.78
反射シェル	解像度: 2.58→2.68 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / R_sym value: 0.591 / % possible all: 71

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.6 Å	43.69 Å
Translation	2.6 Å	43.69 Å

Phasing dm

FOM : 0.81 / FOM acentric: 0.81 / FOM centric: 0 / 反射: 47679 / Reflection acentric: 47679 / Reflection centric: 0

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric
7.4-42.476	0.86	0.86	2026	2026
4.6-7.4	0.88	0.88	6348	6348
3.7-4.6	0.88	0.88	7978	7978
3.3-3.7	0.83	0.83	8093	8093
2.8-3.3	0.8	0.8	14349	14349
2.6-2.8	0.69	0.69	8885	8885

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 30.127 / SU ML: 0.318 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27899	2375	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22938	-	-	-
obs	0.23186	44423	96.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	-0.2 Å²	-0.2 Å²
2-	-	-0.2 Å²	-0.46 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11070	0	4	155	11229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	11312
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.849	1.947	15312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.753	3.001	18763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.022	5	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.241	23.822	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.792	15	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.748	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	12566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.165	0.2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	7749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	6348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.105	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.133	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.802	4	8949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.134	4	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	6	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.356	6	5359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.045	10	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	H	755	tight positional	0.02	0.05
1	2	E	755	tight positional	0.02	0.05
1	3	K	755	tight positional	0.02	0.05
1	4	B	755	tight positional	0.02	0.05
2	1	J	291	tight positional	0.02	0.05
2	2	G	291	tight positional	0.02	0.05
2	3	D	291	tight positional	0.02	0.05
2	4	A	291	tight positional	0.02	0.05
3	1	I	539	tight positional	0.01	0.05
3	2	F	539	tight positional	0.01	0.05
3	3	L	539	tight positional	0.02	0.05
3	4	C	539	tight positional	0.01	0.05
1	1	H	1065	loose positional	0.79	5
1	2	E	1065	loose positional	0.73	5
1	3	K	1065	loose positional	0.64	5
1	4	B	1065	loose positional	0.67	5
2	1	J	351	loose positional	0.64	5
2	2	G	351	loose positional	0.54	5
2	3	D	351	loose positional	0.55	5
2	4	A	351	loose positional	0.53	5
3	1	I	698	loose positional	0.71	5
3	2	F	698	loose positional	0.63	5
3	3	L	698	loose positional	0.68	5
3	4	C	698	loose positional	0.63	5
1	1	H	755	tight thermal	0.03	0.5
1	2	E	755	tight thermal	0.03	0.5
1	3	K	755	tight thermal	0.03	0.5
1	4	B	755	tight thermal	0.03	0.5
2	1	J	291	tight thermal	0.03	0.5
2	2	G	291	tight thermal	0.02	0.5
2	3	D	291	tight thermal	0.02	0.5
2	4	A	291	tight thermal	0.03	0.5
3	1	I	539	tight thermal	0.03	0.5
3	2	F	539	tight thermal	0.02	0.5
3	3	L	539	tight thermal	0.02	0.5
3	4	C	539	tight thermal	0.03	0.5
1	1	H	1065	loose thermal	1.02	10
1	2	E	1065	loose thermal	1.04	10
1	3	K	1065	loose thermal	1.12	10
1	4	B	1065	loose thermal	0.99	10
2	1	J	351	loose thermal	0.93	10
2	2	G	351	loose thermal	0.86	10
2	3	D	351	loose thermal	0.87	10
2	4	A	351	loose thermal	1.04	10
3	1	I	698	loose thermal	0.88	10
3	2	F	698	loose thermal	1	10
3	3	L	698	loose thermal	0.85	10
3	4	C	698	loose thermal	1.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.717 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	343	-
R_work	0.327	6041	-
obs	-	-	91.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3921	0.1268	0.8939	4.4718	0.4469	4.9732	0.0232	-0.0452	-0.2972	-0.6486	-0.0956	-0.0916	0.4006	-0.2912	0.0724	-0.0755	-0.0388	-0.0229	-0.1614	-0.0497	-0.1603	-10.0025	-46.1699	-39.4529
2	3.8787	1.245	1.6744	3.1694	1.5382	3.6118	0.1312	0.3365	-0.2481	-0.7999	-0.0556	-0.0242	0.288	0.0261	-0.0756	0.25	0.0042	-0.007	-0.0828	-0.0245	-0.1031	-9.2475	-49.6254	-49.8882
3	5.9874	2.2439	-3.6777	4.2059	-2.2954	5.7571	0.4126	0.2044	0.495	0.3852	0.0008	-0.206	-0.3459	0.1347	-0.4134	-0.2109	0.0104	0.055	-0.1977	-0.0493	-0.0191	2.6538	-19.0463	-24.7527
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45	16.2663	13.2243	-9.7981	17.8606	-13.3933	10.0456	-0.3617	0.0852	-0.5341	0.9087	-0.4921	0.8948	-0.1676	-1.11	0.8538	0.0139	0.0189	-0.0891	-0.0579	-0.1356	-0.1613	-7.4681	-20.8864	-8.4242
46	4.1331	7.5519	-5.5403	14.7153	-7.6432	14.1329	0.8862	-0.2037	-0.9384	1.2513	-0.0769	0.933	1.1605	-0.4149	-0.8093	0.3838	-0.0516	0.167	0.2686	-0.0105	0.1811	-16.9256	-24.0291	1.1248
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48	14.4795	-0.1415	-3.2445	2.0368	2.2475	3.1391	0.4422	-1.1064	-0.3123	0.9155	-0.0802	0.392	0.4323	-0.5998	-0.362	0.4013	-0.0073	-0.0211	0.2017	0.084	-0.1082	-9.9316	-17.4122	0.6536
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50	6.5363	5.2319	-6.8572	19.7499	-8.213	10.1055	-0.3958	-0.1012	0.3234	0.7634	0.6318	1.8453	0.352	-1.8721	-0.236	0.2049	-0.1612	0.0834	0.122	-0.0927	-0.0425	-14.241	-11.4889	-3.4581
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53	23.812	9.8871	-1.7189	14.818	4.3588	2.5259	0.0363	0.6734	0.2873	-0.1092	0.1453	-0.7581	-0.6322	1.0839	-0.1816	0.0841	-0.0397	-0.0562	0.2375	-0.0193	-0.0972	2.8661	1.5207	-15.8709
54	17.0432	-1.6069	4.5438	5.9924	0.5262	3.9309	-0.2052	-0.4476	0.8861	-0.1403	-0.2387	-0.2691	-0.9981	-0.8029	0.4439	0.1505	-0.0588	-0.0493	-0.1872	0.0622	-0.1864	-10.5246	3.6253	-13.5769
55	9.9946	-2.565	0.9517	2.9333	-0.4627	7.6216	-0.6206	-0.498	0.4199	0.2486	0.1517	-0.6193	-0.3119	0.3673	0.4688	0.0069	-0.0742	-0.0285	-0.1973	-0.0465	-0.0414	-0.6481	-0.3632	-7.6485
56	8.7415	0.2534	-2.5191	3.5907	-1.9926	7.805	0.3496	-0.7164	0.0951	0.1561	0.2506	0.4936	-0.332	-0.5967	-0.6002	-0.0283	-0.0035	-0.0371	0.0055	-0.1959	-0.138	-10.3837	-1.5239	-5.8489
57	34.6599	6.0781	-8.6207	1.2216	-2.96	15.6128	0.9393	0.2497	-1.6725	0.0903	-0.5661	-1.0905	-0.4128	1.0273	-0.3732	0.1298	-0.0968	-0.022	-0.1214	-0.1006	0.1513	3.5207	-6.7586	-8.3554
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59	32.6912	-11.5982	15.3385	6.795	-1.9993	11.6182	0.1487	0.3054	0.7022	-0.7731	-0.5215	0.1328	-0.0096	-0.6436	0.3728	0.0613	-0.1165	-0.0763	-0.1207	-0.1042	-0.1576	8.5492	23.2596	7.8494
60	4.7234	6.4342	5.8717	8.7646	7.9984	7.2992	1.3825	1.2207	0.2659	0.165	-0.212	0.514	-0.6718	0.5202	-1.1705	0.3966	-0.0704	-0.0763	0.0217	0.083	-0.0216	11.2344	23.3658	-3.0089
61	4.4704	2.6145	-2.5593	2.687	4.1833	29.3272	-0.0341	0.7367	-0.1058	-1.1238	0.5471	-0.8828	-0.4723	1.3206	-0.513	-0.0668	-0.0717	0.0293	-0.2082	-0.0574	0.2454	22.6594	25.9586	9.9377
62	1.0945	0.025	1.9984	4.4849	2.062	4.5555	0.2609	-0.1411	-0.3445	-0.4344	-0.2383	0.3083	-0.1285	-0.3091	-0.0226	0.15	-0.0862	0.0073	-0.0036	-0.0028	-0.0734	7.7482	16.2856	0.0159
63	6.272	0.9612	3.5027	7.6639	1.7321	5.9198	0.0018	1.1144	0.4887	-0.4971	0.056	-0.2564	-0.0125	-0.0831	-0.0578	0.1887	-0.0423	0.1488	-0.076	0.009	-0.2649	13.402	17.1366	1.9486
64	14.9255	2.589	-1.7335	6.9701	0.7453	4.7027	-0.0507	0.849	0.6187	-0.4158	0.2435	-0.0558	-0.4124	-0.254	-0.1927	-0.0516	-0.029	-0.052	-0.0548	0.0285	-0.165	11.3541	13.3088	3.909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	I	I	31 - 38	31 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	1	I	I	46 - 59	46 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	1	I	I	95 - 106	95 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	2	I	I	2 - 30	2 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	2	I	I	39 - 45	39 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	2	I	I	60 - 94	60 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	3	H	H	32 - 50	2 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	4	H	H	51 - 68	21 - 38
9	X-RAY DIFFRACTION	5	H	H	72 - 111	42 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	6	H	H	112 - 129	82 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	7	H	H	130 - 155	100 - 125
12	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	156 - 173	126 - 143
13	X-RAY DIFFRACTION	9	H	H	174 - 191	144 - 161
14	X-RAY DIFFRACTION	10	F	F	31 - 38	31 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	10	F	F	46 - 59	46 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	10	F	F	95 - 106	95 - 106
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	2 - 30	2 - 30
18	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	39 - 45	39 - 45
19	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	60 - 94	60 - 94
20	X-RAY DIFFRACTION	12	E	E	31 - 39	1 - 9
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	40 - 57	10 - 27
22	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	58 - 74	28 - 44
23	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	75 - 129	45 - 99
24	X-RAY DIFFRACTION	16	E	E	130 - 152	100 - 122
25	X-RAY DIFFRACTION	17	E	E	153 - 173	123 - 143
26	X-RAY DIFFRACTION	18	E	E	174 - 194	144 - 164
27	X-RAY DIFFRACTION	19	L	L	31 - 38	31 - 38
28	X-RAY DIFFRACTION	19	L	L	46 - 59	46 - 59
29	X-RAY DIFFRACTION	19	L	L	95 - 106	95 - 106
30	X-RAY DIFFRACTION	20	L	L	3 - 30	3 - 30
31	X-RAY DIFFRACTION	20	L	L	39 - 45	39 - 45
32	X-RAY DIFFRACTION	20	L	L	60 - 94	60 - 94
33	X-RAY DIFFRACTION	21	J	J	28 - 34	1 - 7
34	X-RAY DIFFRACTION	22	J	J	35 - 42	8 - 15
35	X-RAY DIFFRACTION	23	J	J	43 - 49	16 - 22
36	X-RAY DIFFRACTION	24	J	J	50 - 57	23 - 30
37	X-RAY DIFFRACTION	25	J	J	58 - 70	31 - 43
38	X-RAY DIFFRACTION	26	J	J	71 - 90	44 - 63
39	X-RAY DIFFRACTION	27	J	J	91 - 108	64 - 81
40	X-RAY DIFFRACTION	28	K	K	32 - 42	2 - 12
41	X-RAY DIFFRACTION	29	K	K	43 - 76	13 - 46
42	X-RAY DIFFRACTION	30	K	K	77 - 112	47 - 82
43	X-RAY DIFFRACTION	31	K	K	113 - 128	83 - 98
44	X-RAY DIFFRACTION	32	K	K	129 - 153	99 - 123
45	X-RAY DIFFRACTION	33	K	K	154 - 176	124 - 146
46	X-RAY DIFFRACTION	34	K	K	177 - 190	147 - 160
47	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	32 - 50	2 - 20
48	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	51 - 91	21 - 61
49	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	92 - 123	62 - 93
50	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	124 - 131	94 - 101
51	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	132 - 159	102 - 129
52	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	160 - 178	130 - 148
53	X-RAY DIFFRACTION	41	B	B	179 - 193	149 - 163
54	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	31 - 38	31 - 38
55	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	46 - 59	46 - 59
56	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	95 - 106	95 - 106
57	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	2 - 30	2 - 30
58	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	39 - 45	39 - 45
59	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	60 - 94	60 - 94
60	X-RAY DIFFRACTION	44	G	G	28 - 40	1 - 13
61	X-RAY DIFFRACTION	45	G	G	41 - 48	14 - 21
62	X-RAY DIFFRACTION	46	G	G	49 - 61	22 - 34
63	X-RAY DIFFRACTION	47	G	G	62 - 71	35 - 44
64	X-RAY DIFFRACTION	48	G	G	72 - 89	45 - 62
65	X-RAY DIFFRACTION	49	G	G	90 - 103	63 - 76
66	X-RAY DIFFRACTION	50	G	G	104 - 108	77 - 81
67	X-RAY DIFFRACTION	51	D	D	28 - 35	1 - 8
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69	X-RAY DIFFRACTION	53	D	D	47 - 58	20 - 31
70	X-RAY DIFFRACTION	54	D	D	59 - 70	32 - 43
71	X-RAY DIFFRACTION	55	D	D	71 - 88	44 - 61
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73	X-RAY DIFFRACTION	57	D	D	104 - 110	77 - 83
74	X-RAY DIFFRACTION	58	A	A	33 - 40	6 - 13
75	X-RAY DIFFRACTION	59	A	A	41 - 54	14 - 27
76	X-RAY DIFFRACTION	60	A	A	58 - 64	31 - 37
77	X-RAY DIFFRACTION	61	A	A	65 - 71	38 - 44
78	X-RAY DIFFRACTION	62	A	A	72 - 85	45 - 58
79	X-RAY DIFFRACTION	63	A	A	87 - 97	60 - 70
80	X-RAY DIFFRACTION	64	A	A	98 - 110	71 - 83

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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