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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3caz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a BAR protein from Galdieria sulphuraria | ||||||
要素 | BAR protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BAR protein / thermo-acidophilic red alga / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
機能・相同性 | Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / BAR protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Galdieria sulphuraria (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.344 Å | ||||||
データ登録者 | McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a BAR protein from Galdieria sulphuraria. 著者: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3caz.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3caz.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3caz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3caz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3caz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34036.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 遺伝子: c501_101305g3.t1 / プラスミド: pVP56k / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: D0VWT4*PLUS 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.05 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (27% MPD, 0.12 M Magnesium chloride, 0.1 ...詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.05 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (27% MPD, 0.12 M Magnesium chloride, 0.1 M MES/Acetate pH 5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96411 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月18日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96411 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.344→47.168 Å / Num. obs: 13119 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 11.425 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / 最高解像度: 3.35 Å / 最低解像度: 47.17 Å / Power centric: 0
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.344→47.168 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.286 / WRfactor Rwork: 0.232 / SU B: 58.864 / SU ML: 0.398 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.648 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.344→47.168 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1696 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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