+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bj1 | ||||||
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Title | met-Perch Hemoglobin at pH 5.7 | ||||||
Components |
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Keywords | OXYGEN BINDING / hemoglobin / autooxidation / heme loss / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT | ||||||
Function / homology | Function and homology information haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Perca flavescens (yellow perch) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Aranda IV, R. / Cai, H. / Levin, E.J. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2008 Title: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss. Authors: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips, G.N. / Richards, M.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bj1.cif.gz | 135 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bj1.ent.gz | 107.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2qspC 2qssC 2r1hC 3bj2C 3bj3C 1ouuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15523.905 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Perca flavescens (yellow perch) / References: UniProt: D0VWS3*PLUS #2: Protein | Mass: 16085.478 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Perca flavescens (yellow perch) / References: UniProt: D0VWV3*PLUS #3: Chemical | ChemComp-HEM / #4: Chemical | ChemComp-ACE / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.41 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: GRADED MULTILAYER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→69.67 Å / Num. obs: 44493 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1OUU Resolution: 1.9→69.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.55 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.562 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→69.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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